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在二代测序上如何实现多重PCR建库

 生物_医药_科研 2019-03-19

文献来源:Anal BioanalChem DOI 10.1007/s00216-016-9536-6

技术问题: 靶基因的重测序,抑或SNP位点高通量的基因分型,相对于传统的方法而言,使科学家节省了大量的时间与经费,一般的策略是先获得多重PCR产物,而后进行建库。市面上,有各种商业化的多重PCR引物合成优化试剂盒与建库试剂盒,但价格极其昂贵。为此,上海翼和应用生物技术有限公司与大学合作开发了多重PCR与建库方案。

摘要:本研究使用了三轮PCR的方式,迅速完成了37重PCR,并对757个样本进行了基因分型。通过经典的LDR方案验证后,99.5%的基因分型与其是一致的。

下面我们来看看这三轮PCR是如何实现37重PCR的:

引物设计图

 

三轮PCR实现的过程。

(第一轮)特异引物与靶序列退火延伸,几个循环就够了;

解释:低浓度引物,少量循环,使得引物间互不干扰;

(第二轮):第一轮的PCR产物取出,加入到新的PCR体系,但不加入新的引物,直至残存的引物消耗完毕;

         解释:每一个特异引物消耗相等的量,使得每个PCR产物的量相等。为什么这么做呢,主要是为了测序的时候每个PCR产物能够被平均的覆盖到。

(第三轮):对每一个特异产物加上样本编号,再加上测序引物。

         解释:如果不加上样本编号序列,最后无法识别来源。

三轮PCR的优势:不同的PCR产物间量相等,最后测序时以较低的通量,可实现更多的样本与其不同产物能被测到。

如本文中,90%的PCR产物达到了15×以上,不同的产物之间reads比不超过50倍。的确不浪费测序通量。

作为科学家的您,如果也想来完成这个实验,您有两个选择:

【1】      您可以将整个过程委托我们来完成,最终您将收到样本的基因型信息;

【2】      您可以自己来完成,但引物合成、条件优化可委托我们来完成,最终您将收到优化的引物试剂、优化的反应条件;您只需完成PCR过程,并在自己的测序仪上完成测序;而成本不过每对引物250元(当前促销价)。

服务热线:021- 33559491    021- 33559492

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