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转载请注明：解螺旋·临床医生科研成长平台 分析细胞间距离在日常实验中非常重要，例如细胞内囊泡在不同处理下其离核距离会发生变化、不同处理下细胞间距会发生改变等等。ImageJ（https://imagej./ij/ ）是美国NIH基于Java开发的免费图像处理软件，其功能强大，今天给大家分析使用ImageJ分析细胞间距离。 分析步骤 1. 打开ImageJ软件 以染核（Dapi）图片为例分细胞间距离： 在此我们分析的细胞间距离指细胞核中心与另一细胞的直线距离。 2.二值化图片 将图片转化为灰度（8-bit）图片，Image，Type，8-bit。 阈值选定，Image，Adjust，Threshold（快捷键Ctrl+Shift+T）。 调节阈值（28-255），选中细胞核，红色代表选中，点击Apply转变为二值化图片（非黑即白）： 3. 分割连接在一起的细胞核 Process，Binary，Watershed分水岭分割： 在测量参数中选择质心：Analyze，Set measurements，选择Center of mass 4.分析粒子 阈值选定，Image，Adjust，Threshold（快捷键Ctrl+Shift+T），调节阈值（28-255），选中细胞核，点击Analyze，Analyze Particles： 得到结果XM,YM为质心坐标，File，Save as质心坐标结果至Excel表格： 5. 计算细胞间距离 Excel中计算两点间距离公式： 点1（X1,Y1）,点2（X2,Y2）: SQRT((X1-X2)^2+(Y1-Y2)^2)
下拉可以计算点1和点2，点2和点3依次至点8的距离：
由Excel计算距离比较麻烦，只能快捷的得到相邻编号的细胞间的直线距离，而细胞1和其他细胞的距离也比较麻烦，下面计算一个更好的方法。将数据保存为txt文件：
下面用到的工具为R语言，可免费下载， R: https://www./ Rstudio: https://www./ 打开Rstudio，从Text导入数据，选择刚刚保存的BB.txt文件：
计算BB文件中点与点之间的距离： a<-dist(BB) 查看结果a：
将a转换为矩阵： a<-as.matrix(a)
将矩阵a保存后在Excel打开，对比Excel计算的距离与R计算的距离（黄色高亮）标记：
我们可以得到哪些结果？ 1. 每个细胞与其他7个细胞的距离均可以从上述矩阵中得出，注意细胞与细胞本身无距离，故其距离为0。 假定细胞1为细胞核的质心，即可得到所有其他囊泡离细胞核的远近。
2. 如何得到细胞距离其最近的细胞之间的距离分别是多少？ 利用Excel表格中的Small函数：
Small（数据范围，1）得到的最小值均为0。 总结 计算细胞间距离，不一定要在图像分析中画出线来才能计算距离，可以得到质心坐标后通过Excel或其他软件根据坐标快捷方便的计算出距离。 举一反三的时间来了，如何计算下图中红色荧光粒子之间的距离？
今天关于使用ImageJ分析细胞间距离就给大家分享到这里希望对大家有所帮助，祝大家早日发文章。 |
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