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常常听到临床的老师抱怨：我每天要上门诊，要做手术，要写病例……木有时间做实验啊！！怎么样才能发paper呢？ 今天Dr.W就来给各位临床的老师发福利了。不想做基础实验又要发paper的老师，也许biomarker是一条不错的路径噢。  图片来源：giphy.com 下面我们就来看看阿尔兹海默症研究怎么走biomarker这条研究思路。 1. 基础篇  IF=2.66 问题： 硒（Se）缺乏导致抗氧化系统失效被认为与阿尔茨海默病（AD）的发病机制有关；补充硒（Se）可以恢复抗氧化系统，并补偿由AD引起的损伤，那么补充硒会怎样影响AD小鼠的内皮质蛋白质组变化？ 方法： 找3组老鼠的样本：（1）WT野生型小鼠；（2）AD 小鼠 (3 x Tg-AD) ；（3）AD小鼠补充硒酸盐（3 x Tg-ADSe），每组6个样本，取脑组织皮质层，iTRAQ定量蛋白质组学技术检测。     通过生物信息学分析发现，与野生型小鼠相比，AD小鼠皮质中发现了96种下调蛋白和46种上调蛋白。在用硒酸钠处理时，41种蛋白质表现出反向表达，33个蛋白质在AD小鼠中下调但在硒酸盐处理的AD小鼠中上调，而AD小鼠中的8种上调蛋白质在硒酸盐处理的小鼠中表达较低。  之后，作者挑了5个比较关键的蛋白进行WB验证。 总结： 动物样本+蛋白质组学+WB验证，一篇2.66分的论文就是这么简单！ 2.进阶篇  IF=5.414 问题： AD的一个特征是Aβ蛋白在脑中各个部位沉积成实质性的斑块，如果在脑膜血管沉积就叫脑淀粉样血管病（CAA）， CAA的发病机制不明，没有特异性相关的蛋白标记物。 方法： 取三组样本：（1）AD病人，脑实质中有淀粉样沉积，无血管相关的淀粉样蛋白-15例；（2）AD病人，严重的CAA1型，但是没有或者只有少量脑实质淀粉样沉积-13例；（3）没有淀粉样沉积的认知健康人-15例。取脑组织，显微切割获得皮层II至VI，定量蛋白质组学检测。  结果：  
生信分析找到了29个候选蛋白，然后再用质谱在样本中验证了这29种蛋白（整个文章甚至都没有秀一张生信分析的那种常常闪瞎我们双眼的图，好低调，直接就说得到了29种候选蛋白） 根据质谱验证29个蛋白的结果，最后挑了4个蛋白进行WB和免疫组化验证，发现NDP和COL6A2这两个蛋白为高选择性标记物，其明显存在于CAA中。 总结： 临床样本+蛋白质组学+WB/IHC验证 3. 高级篇 IF=9.504 问题： 阿尔茨海默病（AD）的潜在发病机理不清楚，AD中异常聚集的蛋白质的情况不明。 方法： LC-MS/MS定量蛋白质组学技术：（1）AD病人-10例；（2）非痴呆的其它神经退行性疾病病人-10例；每组10例，脑皮质层组织用于蛋白质组学。 RNA-seq：Emory University （4个对照和5个AD病例）和University of Kentucky （3个对照和3个AD），两个脑库中的两个独立样本组进行了额叶皮质RNA的深度RNA-seq 结果： 蛋白质组学检测发现了U1 snRNP的两个亚基（U1-70K和U1A）在AD蛋白质组中高度升高，而U1 snRNP是负责RNA加工的剪接体复合物的组成部分,所以研究者猜想是不是AD和RNA剪接有关，进而又进行了深度RNA-seqs。
WB和IHC验证了U1 snRNP在AD中的表达情况。 验证U1 snRNP下调对经典AD蛋白Aβ40和APP表达的影响。 总结： 多中心临床样本+多组学（蛋白组/转录组）+WB/IHC验证+简单功能验证 老师们有没有从上面的文章中看出点什么门道？只要手头有样本，然后利用这些样本做点高通量组学，比如转录组，蛋白组，代谢组等，然后找到一些阳性基因，蛋白或代谢物在样本上验证一下，基本就可以愉快的去发paper了，老板再也不用担心我没有时间做实验了！
图片来源：giphy.com |
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