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1 项目信息 1.1 基本思想 转录组测序，基于Illumina测序平台，通过研究某个物种在特定状态或者特定时期下 所有的mRNA，针对实际样品信息采用灵活的差异分析策略可以找到生物体不同时期、不同组织 或不同个体间差异表达的mRNA，再通过软件进行功能注释，最终可以得到mRNA在生物体中参与 生命活动的清晰生物信息图谱。 1.2 实验流程 1.2.1 样本检测 对总RNA的样本检测包括以下3种方法： （1）1%的琼脂糖电泳检测RNA样品是否有降解以及杂质 （2）凯奥K5500分光光度计检测样品纯度（凯奥，北京） （3）安捷伦2100 RNA Nano 6000 Assay Kit（Agilent Technologies, CA, USA）检测RNA样品的 完整性和浓度 1.2.2 文库构建和上机测序 总RNA样本检测合格后，对于真核生物，用带有Oligo（dT）的磁珠富集mRNA，对于原核生 物，用试剂盒去除rRNA，向得到的mRNA中加入Fragmentation Buffer使其片断成为短片段，再以 片断后的mRNA为模板，用六碱基随机引物合成cDNA第一链，并加入缓冲液、dNTPs、RNaseH和 DNA Polymerase I合成cDNA第二链，经过QIAQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱。洗脱纯 化后的双链cDNA再进行末端修复、加碱基A、加测序接头处理，然后经琼脂糖凝胶电泳回收目的 大小片段并进行PCR扩增，从而完成整个文库制备工作。 构建好的文库用Illumina平台进行测序。测序策略为PE150。 其实验流程如下： 图1 实验流程图 1.3 信息分析流程 Illumina平台测序所得原始下机序列（Raw Reads），通过去低质量序列、去接头污染等过程完 成数据处理得到高质量的序列（Clean Reads），后续所有分析都是基于Clean Reads。 转录组测序信息分析流程主要分为三部分：测序数据质控、数据比对分析和转录组深 层分析。其中，测序数据质控包括过滤测序所得序列、评估测序数据质量以及计算序列长度分布 等；数据比对分析主要是针对比对到基因组中的序列，根据不同的基因组注释信息依次进行分类 和特征分析，并计算相应的表达量；转录组深层分析包括差异表达分析、可变剪接分析、新转录 本预测和变异分析等其他个性化分析。具体的信息分析流程图如下： 如项目仅有一个样品，无法进行虚线所示的分析内容。 1.4 样品信息 本项目共12个样本。 样品信息示例如下:
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