|
说起环状 RNA， 现在大家都是家喻户晓了。2018 年是环状RNA大爆发的一年， 据统计， 2018 年国内外环状 RNA 领域发表 SCI 文章高达 8167 篇， 比 2017 年增长了 10 多倍， 产量呈现指数性地暴涨。 国内外环状 RNA 领域发表 SCI 文章 对于研究 circRNA 的小伙伴们来说， 总有那么几个让他们爱不舍手的助力神器， 今天小编就来给大家汇总几个常用的 circRNA 数据库或在线软件。 1. Circbase （http:///） 这个数据库收集了几千条在真核细胞表达的 circRNAs,是个公共 circRNA 数据集， 有相应 circRNA 详细信息，还可以下载 circRNA 序列。 相关推文： 2. CIRCpedia v2 （http://www./rnomics/circpedia/） CIRCpedia v2 是一个更新的综合数据库，包含来自 6 个不同物种的 180 多个 RNA-seq 数据集共 262782 条的 circRNA 注释。该数据库允许用户搜索、浏览和下载具有各种细胞类型/组织(包括疾病样本)表达特征的环状 rna。 此外，更新后的数据库包含了人类和小鼠之间环状 rna 的保守性分析。 3.Circular RNA Interactome (http://circinteractome.nia./Circular_RNA/circular rna.html) 该数据库预测了已知的 109 个 RNA 结合蛋白数据集与 circbase 中的 circRNA 的结合位点，并利用 Targetscan 软件预测了 miRNAs 与 circRNA 的潜在结合位点。此外， 该数据库还可以用于设计环状 RNA 引物， 针对环状 RNA 的 siRNA。
相关推文： 4. circRNADb
首个汇总编码蛋白环状 RNA 的数据库， 共收录了 32,914 个带注释的人类外显子 circRNA， 是一个完整的人类环状 RNA 分子数据库， 每条记录包含详细的基因组信息、 RNA 编辑情况、 IRES 序列元件、 预测的 ORF 等信息， 可以作为大规模研究人类 circRNA 的宝贵资源。
可以根据基因名、细胞类型、pubmedID和蛋白编码能力浏览：
这里展示的是有蛋白编码证据的circRNA：
相关推文： 5. TSCD (tissue-specific circRNA database) ( http://gb./TSCD)
是一个系统分析组织特异性环状 RNA 数据库。包含人和小鼠 2 个物种， 16 种组织的特异性环状RNA。 比如心脏特异性表达的circRNA：
及预测结合的miRNA：
6. MiOncoCirc (https://mioncocirc./)
相关推文： 太牛了！测了2000多肿瘤样本的circRNA数据，怪不得发Cell！ 7.CSCD（cancer-specific circRNA database） ( http://gb./CSCD/)
这个数据库是由武大何春江教授发布一个全新的肿瘤特异性 circRNA 数据库。 根据肿瘤细胞查找circRNA：
相关推文： 8. exoRBase （http://www.exoRBase.org）
这个外泌体环状 RNA 数据库是由复旦黄胜林教授开发的。exoRBase 数据库共收录了 58330 种 circRNAs， 15501 种 lncRNAs， 18333 种 mRNAs，它们来自 92 份血清外泌体 RNA-seq 测序样本。作者还依据GTEx project 获得组织特异性 RNA 表达特征，分析了相关 RNA分子的组织来源。
相关推文： 9. circRNADisease http://:9091/circRNADisease/
这个数据库收录了48种疾病和330条circRNA，共有354条信息，数据库可以浏览、搜索和下载，比如我们直接单击左侧的动脉粥样硬化，右侧就可以看到相应的信息：
以及报道该circRNA与动脉粥样硬化的文章：
当然，最直接的就是下载了：
这是下载好的excel，我们也可以直接搜索查看：
|
|
|
