【原】寻找ceRNA网络哪家强，starBase帮你忙！

解螺旋公众号·陪伴你科研的第1842天

Starbase说，查询ceRNA，我可是个好帮手。

ceRNA是真核生物体内存在的一种具有相同miRNA反应结合元件的多个RNA分子竞争性的与miRNA结合，从而形成的一种相互调节机制。

由于miRNA调控的RNA（可以是mRNA、lncRNA或者circRNA）非常的多，而一个RNA又受多个miRNA调控，这就使得ceRNA调控在细胞内非常的普遍。

今天给大家介绍通过starbase这个超好用的数据库工具寻找ceRNA。网址还是http://starbase./ 哦！

通过这个工具，可以搜索mRNA-mRNA的ceRNA网络，lncRNA与lncRNA或mRNA的ceRNA网络，假基因pseudogene与lncRNA或mRNA的网络。

与前面两期介绍的左边的过滤栏不一样，寻找ceRNA机制主要筛选条件是包含的miRNA数目、p或FDR值，然后就是在TCGA中的数据支持情况。

需要说明的是，尽管在starbase中ceRNA网络有3种寻找形式，但展示结果的界面一样，使用和查看的方法也就一样了。

以“HOTAIR”为例，看看lncRNA的ceRNA网络如何。

如果你现在手上有正在做的基因，如果想看看有没有ceRNA机制可以挖掘，可以试试这个功能。输入基因，然后在结果内再搜索！

点击“HitMiRnum”可以查看包含的miRNA家族及其包含的具体miRNA。

    

点击“Pan-Cancer”可以查看该ceRNA在TCGA 32个肿瘤中的相关性情况，并可查看

关于如何使用starBase这个工具寻找潜在的ceRNA机制就介绍到这里了，如果你对如何做实验验证，以及更深入的研究方法感到困惑，欢迎加入解螺旋40周体系化课程，让解螺旋助你一臂之力！

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