生物医学知识体系庞杂,光是蛋白质就有几万种,文献浩如烟海,查找既费时又费力。在研究某个蛋白之初,我们往往会因为数据庞大而无从下手。这个XXX蛋白究竟是个什么鬼?在什么细胞表达?表达在什么部位?用什么细胞研究比较靠谱?有没有可参考的免疫组化/印迹阳性对照?这些基本问题是进入研究前必须了解的。可是,面对茫茫文献,想要准确找到这些基本信息,还真得牺牲不少仅存的发际线。 下面,我介绍一款蛋白质数据库神器,挽救你的发际线! 数据库名为Human Protein Atlas,传送门:https://www.proteinatlas.org/。 Human Protein Atlas(HPA)提供了26000种人类蛋白质的组织和细胞分布信息。在该数据库中,研究人员使用高度特异性的抗体,用免疫检测技术(免疫印迹、免疫荧光和免疫组化),详细地检测了每一种蛋白在64个细胞系、48种人类正常组织和20种肿瘤组织中的表达情况,数据详实。 根据不同维度,HPA数据库分为Cell,Tissue和Pathology三个版块,分别展示了蛋白在细胞、正常组织和癌变组织中的表达情况。我以肿瘤常见的标记物vimentin为例,向大家展示HPA的强大功能。 首先打开https://www./,在搜索框中输入vimentin,点击search: 界面的第一栏即为要查询的目的蛋白vimentin,我们分别以Cell,Tissue和Pathology三个版块为顺序浏览。 版块一:CELL 点击图中绿色的Cell,进入该版块。此版块分5个栏目,即CELL ALTAS, RNA EXPRESSION, HUMAN CELLS, GENE/PROTEIN和ANTIBODIES AND VALIDATION,分别介绍了vimentin的详细信息。 1. CELL ATLAS “CELL ATLAS”列出了vimentin的基本情况,包括基因名(VIM),蛋白性质和表达形式(中间丝蛋白,胞内表达)、转录子数等。右侧的细胞结构图展示了vimentin蛋白在细胞内的空间分布,表达处显示为绿色。可见,vimentin主要表达于细胞质中。 在DATA RELIABILITY一栏中,vimentin的Reliability score为“Approved”,表明vimentin的表达是经抗体实测证实的,数据可靠。点击右下方的SHOW MORE,可看到vimentin的表达用了三种抗体(Antibody HPA001762,Antibody CAB000080和Antibody CAB058687)来验证。图中列出了抗体的详细信息,包括供应商(Sigma-Aldrich)、来源物种(兔/鼠)、单/多抗、纯化方法等。同时还提供了每种抗体的具体实验结果,包括免疫荧光、免疫组化和WB等,这些信息可为大家选择抗体提供指导。 2. RNA EXPRESSION 这一栏介绍了vimentin在64种不同细胞系中的RNA表达情况。这些表达情况可以按Organ, Origin, Category和Expression等方法分类。比如在Expression分类下, 我们可以看到vimentin在ASC TERT细胞中RNA表达水平最高。 3. HUMAN CELLS 这一栏目可视化地显示了vimentin在细胞中的具体空间分布。其方法是用上述的Antibody HPA001762抗体行间接免疫荧光,分别检测vimentin在ASC TERT,U-2 OS和U-251 MG细胞中的分布情况。 点击一张荧光图,可以高清显示Vimentin在细胞中的分布。通过选择不同的通道(如Antibody, Nucleus, Microtubules, ER),可分别以细胞核,微管蛋白和内质网的表达为参照,精确定位Vimentin在细胞内的空间分布。 选择Compareselected,可比较vimentin在不同细胞系中的表达情况。 4. GENE INFORMATION 这一栏主要展示了vimentin的基本信息,与第一栏CELL ATLAS基本一致。值得注意的是,此处还提供了一些有用的外链,比如Uniprot,便于快速查询vimentin的其它关键信息,如氨基酸序列、长度、蛋白功能和二、三级结构等。 5. ANTIBODIES AND VALIDATION 此栏目展示的信息与CELL ATLAS中DATA RELIABILITY的SHOW MORE一样,介绍了用于验证vimentin表达的抗体的详细信息,见上述。 总结:“CELL”版块主要提供了细胞尺度下的蛋白表达情况,其中比较关键的信息是蛋白在不同细胞、以及同一细胞内的空间分布情况,这些数据以免疫检测实验结果展示,为后续实验参考提供了极大的便利。 |
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