|
森林图之初体验 最近小编在浏览文献的时候多次看到了森林图，心心念念想着怎样可以画出来，下面将绘制森林图的两种方法推荐给大家。 对于绘制森林图，我们需要准备的文件大体如下，主要包含基因名、p值、HR值和置信区间几个部分。 方法一：forestplot包 #相关R包加载 library(forestplot) #数据处理 sample<> tabletext1<> tabletext2<> tabletext3<> tabletext4<> tabletext5<> tabletext<> #绘制森林图 forestplot(labeltext=tabletext, #文本信息 mean = round(sample[,3],3),##HR值 lower = round(sample[,4],2),##95%置信区间 upper = round(sample[,5],2),#95%置信区间 boxsize = 0.8,##大小 graph.pos=3,#图在表中的列位置 graphwidth = unit(0.4,'npc'),#图在表中的宽度比例 fn.ci_norm='fpDrawDiamondCI',#box类型选择钻石,可以更改fpDrawNormalCI；fpDrawCircleCI等 col=fpColors(box='steelblue', lines='black', zero = 'black'),#颜色设置 lwd.ci=2,ci.vertices.height = 0.1,ci.vertices=TRUE,#置信区间用线宽、高、型 zero=1,#zero线横坐标 lwd.zero=2,#zero线宽 grid=T, lwd.xaxis=2,#X轴线宽 title='Hazard Ratio', xlab='',#X轴标题 clip=c(-Inf,3),#边界 colgap = unit(0.5,'cm'),#列间隙 new_page = TRUE#是否新页 ) 最终我们将得到下面形式的森林图 除了上面这样形式的森林图，小编在浏览文献中更多的看到的是这样的森林图， 这样的森林图看上去更像是通过ggplot2包调整绘制的，于是小编进行了第二种森林图绘制方式的尝试。 方法二：ggplot2包 ##加载相关R包 library(ggplot2) #数据处理 sample<> sample[,2]<> sample[,3]<> sample[,4]<> sample[,5]<> #绘制森林图 ggplot(sample,aes(x=HR,y=gene.symbol,color=P.value))+ geom_errorbarh(aes(xmax=High.95.CI,xmin=Low.95.CI),color='black',height=0,size=0.8)+#加线 geom_point(aes(x=HR,y=gene.symbol),size=4,shape=18)+###点 geom_vline(xintercept=1,linetype='dashed',size=1.2)+##垂直线 scale_x_continuous(breaks=c(0,0.5,1,1.5,2,2.5,3.0))+ scale_y_discrete(labels=c(as.character(sample[,1])))+ coord_trans(x='log2')+ scale_color_continuous(low='dodgerblue4',high='lightskyblue')+ ylab('Gene')+xlab('Hazard ratios')+ labs(color='P value',title='')+ theme(panel.grid.major =element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),panel.background = element_blank(),axis.line = element_line(colour = 'black'))+ theme(axis.text=element_text(colour='black',size=14))+ theme(legend.text=element_text(size=14))+ theme(legend.title=element_text(size=15))+ theme(axis.title=element_text(colour='black',size=14)) 最终我们将得到下面形式的森林图 这就是小编对于森林图的初步探索，更多细节美化部分还需要大家多多建议呀~
|
|
|
