1、根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第二条规定:“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物(以下简称转让房地产)并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人(以下简称纳税人)，应依照本条例缴纳土地增值税”。可见，土地增值税是对转让房地产行为征收的一种财产税，据此，股权转让不涉及土地增值税。
2、根据 《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）文件规定：“你局《关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的请示》（桂地税报〔2000〕32号）收悉。鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。”该文件是国家税务总局对广西壮族自治区地方税务局关于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权是否缴纳土地增值税的答复，对该个案具有法律效力。但在实务中，全国各地许多税务机关依照该文件，对以股权方式转让房地产的行为征收土地增值税。
3、关于法律适用问题
实务中对国税函的适用存在三种不同意见:
一种意见认为国税函[2000]687号是国家税务总局对本系统下属单位工作请示的批复函，属于税收规范性文件，而《土地增值税暂行条例》是由国务院颁布，属于行政法规，法律效力高于税收规范性文件。根据《土地增值税暂行条例》第二条明确规定了土地增值税的纳税义务人为转让房地产的单位和个人，征税范围为转让房地产的行为。以股权转让方式转让房地产的行为，房地产的产权人在股权转让前后，并未发生变化，因此并未发生房地产的转让行为，且纳税义务人并非转让房地产的单位和个人，而是转让股权的单位和个人。国税函[2000]687号将该行为纳入土地增值税的征收范围，扩大了《土地增值税暂行条例》中关于土地增值税纳税义务人和征税范围的规定，明显超越上位法的规定，因而其法律效力和合法性存在疑问。
第二种意见认为国税函[2000]687号是国家税务总局对广西壮族自治区地方税务局关于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100％的股权是否缴纳土地增值税的答复，仅对请示事项有效，同时对抄送机关有效。其他税务机关遇到性质相同的事项也可以选择参照执行。执行与不执行的选择权力在税务机关。因此，该函国税函[2000]687号是国家税务总局不具有普遍适用性。
第三种意见认为根据税收法律适用原则中的特别法优于一般法的规定，国税函[2000]687号是国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的特别规定，对企业名义上或形式上以股权转让行为，实质上是转让房地产的行为，应按特别规定和实质重于形式的规定应征收土地增值税。
三、征收土地增值税操作中存在的问题
一是与流转税政策相矛盾。以股权转让方式转让房地产的行为，如果按照国税函[2000]687号文件的精神，认定为房地产转让行为，那么根据原《中华人民共和国营业税暂行条例》及其实施细则的有关规定，应按销售不动产或无形资产税目征收营业税。但《国家税务总局关于纳税人资产重组有关营业税问题的公告》（国家税务总局公告2011第51号）规定：“纳税人在资产重组过程中，通过合并、分立、出售、置换等方式，将全部或者部分实物资产以及与其相关联的债权、债务和劳动力一并转让给其他单位和个人的行为，不属于营业税征收范围，其中涉及的不动产、土地使用权转让，不征收营业税。”
同一交易行为，依据国税函[2000]687号被认定为房地产转让行为，需要缴纳土地增值税，而依据国家税务总局公告2011第51号却认定为不是房地产转让行为，不需要缴纳流转税。对股权转让方式转让房地产的交易行为的法律性质应如何判定，税收政策相互矛盾。
二是增值额存在难以确定的问题。土地增值税实行四级超率累进税率，而确定税率的关键就是确定增值额。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》的规定，纳税人转让房地产所取得的收入，减除规定扣除项目金额后的余额，为应纳土地增值税的增值额。以股权转让方式转让房地产的交易中，要确定增值额，首先要确定房地产转让收入和扣除项目金额。扣除项目金额被转让企业账面有记载，容易获得。房地产转让收入应如何确定，转让方获得的是股权转让收入，包括房地产价值、股本价值和其他资产价值。哪些属于房地产价值，难于正确划分和确定。
三是容易存在重复征税问题。适用国税函[2000]687号对股权转让行为征收土地增值税，是对股权转让方征税，被转让企业的土地账面价值不会相应得到调整，股权收购方在购买被转让企业股权，获得该房地产后，无论继续开发后转让或直接转让，均只能以被转让企业账面记载的房地产开发成本作为计算土地增值税的扣除项目金额，不能将股权转让方已经缴纳的土地增值税计入扣除项目金额。势必造成对同一房地产销售行为重复缴纳土地增值税的情况。
四是该种转让行为很容易被合理规避。国税函[2000]687号文件的适用，必须满足三个条件：一是股权转让行为为一次性行为；二是转让100%股权；三是以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物。只有同时满足上述三个条件才能适用国税函[2000]687号文件对以股权转让方式转让房地产的行为征收土地增值税。如果以股权转让方式转让房地产行为的最终目的是为了避税，那么企业通过多次股权交易或者转让99%的股权，就不满足国税函[2000]687号的适用条件，不能征收土地增值税。
四、改制重组中土地增值税的特别规定
《财政部 税务总局关于继续实施企业改制重组有关土地增值税政策的通知》（财税〔2018〕57号）规定：
1.企业整体改制暂不征土地增值税。按照《中华人民共和国公司法》的规定，非公司制企业整体改制为有限责任公司或者股份有限公司，有限责任公司（股份有限公司）整体改制为股份有限公司（有限责任公司），对改制前的企业将国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物（以下称房地产）转移、变更到改制后的企业，暂不征土地增值税。
2.企业合并暂不征土地增值税。按照法律规定或者合同约定，两个或两个以上企业合并为一个企业，且原企业投资主体存续的，对原企业将房地产转移、变更到合并后的企业，暂不征土地增值税。
3.企业分立暂不征土地增值税。按照法律规定或者合同约定，企业分设为两个或两个以上与原企业投资主体相同的企业，对原企业将房地产转移、变更到分立后的企业，暂不征土地增值税。
4.房地产作价入股进行投资暂不征土地增值税。单位、个人在改制重组时以房地产作价入股进行投资，对其将房地产转移、变更到被投资的企业，暂不征土地增值税。
5.企业改制重组后房地产再转让土地成本的认定。企业改制重组后再转让国有土地使用权并申报缴纳土地增值税时，应以改制前取得该宗国有土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用，作为该企业“取得土地使用权所支付的金额”扣除。企业在改制重组过程中经省级以上（含省级）国土管理部门批准，国家以国有土地使用权作价出资入股的，再转让该宗国有土地使用权并申报缴纳土地增值税时，应以该宗土地作价入股时省级以上（含省级）国土管理部门批准的评估价格，作为该企业“取得土地使用权所支付的金额”扣除。办理纳税申报时，企业应提供该宗土地作价入股时省级以上（含省级）国土管理部门的批准文件和批准的评估价格，不能提供批准文件和批准的评估价格的，不得扣除。
6.上述改制重组有关土地增值税政策不适用于房地产转移任意一方为房地产开发企业的情形。
