全基因组测序全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing)。 从头测序(de novo)不需要任何参考基因组信息即可对某个物种的基因组进行测序,利用生物信息学分析方法进行拼接、组装,获得该物种的基因组序列图谱,从而推进该物种的后续研究。 基因组重测序主要用于辅助研究者发现单核苷酸多态性位点(SNPs)、拷贝数变异(CNV)、插入/缺失(Indel)等变异类型,以较低的价格将单个参考基因组信息扩增为生物群体的遗传特征。全基因组重测序在人类疾病和动植物育种研究中广泛应用。 技术路线生物信息分析案例解析1.比较基因组分析
采用progressiveMauve软件比对9株大肠杆菌O104:H4分离株的染色体序列,展示可移动遗传元件和基因组可变区域信息,利用核心SNP位点信息构建最大似然进化树揭示菌株间的亲缘关系。
2.重复序列分析
3.代谢通路重建
4.基因进化分析 测序策略及数据量测序策略:PE125或PE150 建议数据量:根据基因组大小进行30×或50×的测序 |
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来自: Hobart_joe > 《生物信息》