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解螺旋公众号·陪伴你科研的第1903天 用轻工具做出媲美R语言的效果 你曾经为作图而苦恼吗？你曾经因为Figure丑而被导师嫌弃吗？你曾为高颜值的PPi图、火山图、热图、韦恩图，弦图和主成分分析图而折服吗？今天笔者给大介绍一款强大的在线作图神器——NetworkAnalyst，能够将你知道的高端大气上档次的图一网打尽。 进入NetworkAnalyst网站，网址为https://www./. 在网页的上方有关于NetworkAnalyst网站的定义：它是一个基因表达和meta分析的可视化分析平台。可以看到，该网站由5个数据上传入口，可以根据不同的需求进行选择，今天笔者以Multiple Gene ExpressionTables入口为例给大家讲解。 图1 点击Multiple GeneExpression Tables进入数据上传界面，根据提示可以看到，该入口最大的数据上传数目为1000。 图2 需要上传数据时，点击“Upload”即可上传，这里我以网站自带的数据为例进行上传。点击“Try our example”，获取三个数据集，分别为“E-GEOD-25713、E-GEOD-59276和GSE69588”。 图3 点击“OK”即可完成上传，网站对各个数据分别进行了ID转换、注释、标准化以及可视化等多项操作。 图4 点击“Visualization”栏目下方的“view”，可以看到该数据集分析后的箱式图和主成分分析（PCA）图。 图5 在图4网页的下端，点击“Proceed”，随后在新出现的网页中选择“Next”对这三个数据集进行处理。在质量检测（quality check）页面中，可以看到这三个数据集的PCA图和密度图。 图6 点击“Proceed”继续处理，在新的网页中点击“submit”，“Proceed”。可以看到各个基因在三个数据集中的变化。 图7 点击后方的“View”，可以对基因的变化进行可视化。 图8 点击网页下方的“Proceed”,随后可以选择不同的展现方式对数据进行可视化。 图9 对单个数据集中的基因进行分析有三个，分别为“Network visual analytics、ORA Enrichment和ORA Heatmap Clustering”，下面一一为大家做介绍。 Network visual analytics 点击“Network visual analytics”，选择“GSE69558数据集”，随后点击“OK”。可以看到有多个网络图可供选择，这里我选择构建“Generic PPI”。
图10 点击“Generic PPI”，随后需要选择构建蛋白相互作用网络的数据库，这里我选择应用较多的STRING数据库。
图11 点击“ok”，随后选择“Proceed”继续处理数据，就可以获得如下图的PPI网络图。在该页面中，可以对PPI图进行各种调整，包括背景颜色、可视化图形、布局和边缘类型。
图12 ORA Enrichment 点击“ORA Enrichment”，可以获得如下图所示的ORA富集图，与PPI图类似也可以对图形进行修改。
图13 ORA Heatmap Clustering 点击“ORA Heatmap Clustering”，在数据集选择页面中点击“ok”即可获得如下图ORA热图。
图14 介绍完单个数据集中的基因分析，下面来看看多个数据集中的基因分析。主要包含5种可视化分析图，分别为“Venn Diagram、Chord Diagram、GSEA Enrichment Network、GSEA Heatmap Clustering和PCA 3D”。 Venn Diagram 点击“Venn Diagram”，“ok”,随后可以获得如下韦恩图。点击韦恩图中的任意区域，可以在左边看到交集中的基因。
图15 Chord Diagram 点击“Chord Diagram”，由于弦图在基因超过1000个时无法展示，而且需要两个数据集，因此我们选择的这三个数据集无法得出弦图。
图16 GSEA Enrichment Network 点击“GSEA Enrichment Network”，可以获得以下GSEA富集图。
图17 GSEA Heatmap Clustering 点击“GSEA Heatmap Clustering”，可以获得如下GSEA热图。
图18 PCA 3D 点击“PCA 3D”，获得如下主成分分析图。
图19 只需要你准备原始的测序数据，该在线网站可以实现一键分析，而且可以进行多种高颜值图形的可视化。各位科研同伴们，可以试试这个网站啊，保证你爱不释手。  生信系列 干货 | StarBase中miRNA与其他非编码RNA的互作检索点下“在看”，多根头发 |
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