关于公安机关在办理刑事案件过程中是否有权查封涉案不动产，有一个比较复杂的演变过程。
1996年《刑事诉讼法》第114条规定：在勘验、搜查中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种物品和文件，应当扣押；与案件无关的物品、文件，不得扣押。
公安部1998年发布施行的《公安机关办理刑事案件程序规定》第210条明确：在勘查、搜查中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的物品和文件应当扣押；但与案件无关的物品、文件，不得扣押。持有人拒绝交出应当扣押的物品、文件的，公安机关可以强行扣押。
在2012年《刑事诉讼法》实施前，公安机关一般是依据上述法律条文决定扣押犯罪嫌疑人名下的不动产的。
2012年《刑事诉讼法》第139条明确规定：在侦查活动中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种财物、文件，应当查封、扣押；与案件无关的财物、文件，不得查封、扣押。这是第一次以法律的形式赋予公安机关在侦查阶段查封不动产的权力。实际上,早在2001年,公安部在《关于公安机关在办理刑事案件中可否查封冻结不动产或投资权益问题的批复》中即认为,公安机关在办理刑事案件中有权依法查封、冻结犯罪嫌疑人以违法所得购买的不动产、获取的投资权益或股权。
2013年9月1日,公安部联合最高人民法院、最高人民检察院等多部门出台《公安机关办理刑事案件适用查封、冻结措施有关规定》(以下简称《规定》)，第一次细化了公安机关查封不动产的类型、期限、适用条件、所需材料及不动产登记机构的协助配合义务。依据 《规定》第7条：查封期限不得超过二年。期限届满可以续封一次，续封应当经作出原查封决定的县级以上公安机关负责人批准，在期限届满前五日以内重新制作查封决定书和协助查封通知书，送交有关部门协助办理，续封期限最长不得超过一年。案件重大复杂，确需再续封的，应当经设区的市一级以上公安机关负责人批准，在期限届满前五日以内重新制作查封决定书和协助查封通知书，且每次再续封的期限最长不得超过一年。查封期限届满，未办理续封手续的，查封自动解除。
实践中，公安机关查封不动产面临的常见问题包括：对于公安机关在2013年9月1日之前采取的查封不动产措施，期限届满后如何处理；对于公安机关在2013年9月1日之后采取的查封措施，期限届满之后如何处理；对于法院首封，公安机关为轮候查封（查封措施实施于2013年9月1日之前的），法院处置该不动产时如何处理公安机关的轮候查封；对于法院首封，公安机关为轮候查封（查封措施实施于2013年9月1日之后的），法院处置该不动产时如何处理公安机关的轮候查封。
《规定》第57条明确，本规定施行后适用查封、冻结措施的，按照本规定办理；本规定施行前已生效的查封、冻结措施，依照措施适用时的有关规定执行。而2013年9月1日之前公安机关适用的法律、法规、规章或者规范性文件都没有提及公安机关查封涉案不动产的期限以及期限届满后的效力问题。本着法不溯及既往的原则，对于这种类型的查封，不论期限是否届满，如果要办理解除查封手续，都需要查封机关出具相关的解封文书。
对于期限届满后公安机关没有到登记机构办理续封手续的，查封失效，登记机构可以解除相应的查封措施，并在系统里备注上解封的法律依据及解封日期。
《规定》出台并实施后，公安机关才第一次接受并认可轮候查封的概念。同时，《规定》第47条明确，要求查封、冻结涉案财物的有关国家机关之间，因查封、冻结事项发生争议的，应当自行协商解决。协商不成的，由其共同上级机关决定；分属不同部门的，由其各自的上级机关协商解决。协助执行的部门和单位按照有关争议机关协商一致后达成的书面意见办理。所以，对于公安机关的查封措施是否当然失效，登记机构是否有权解除，都不应该由登记机构来判断。笔者建议，登记机构宜发函给首封法院，并按照两家协商一致后达成的书面意见办理。
2004年《最高人民法院、国土资源部、建设部关于依法规范人民法院执行和国土资源房地产管理部门协助执行若干问题的通知》（以下简称《通知》）第20条规定，查封法院对查封的土地使用权、房屋全部处理的，排列在后的轮候查封自动失效。依据这一规定，目前，一般情况下法院认为，作为首封法院，依法对查封的房屋全部处理，公安的刑事查封作为轮候查封应该自动失效。但《通知》系最高人民法院联合两部委发布的规范性文件，对公安机关没有约束力。
2007年《最高人民法院关于查封法院全部处分标的物后轮候查封的效力问题的批复》（以下简称《批复》）明确，人民法院对已查封、扣押、冻结的全部财产进行处分后，该财产上的轮候查封自始未产生查封、扣押、冻结的效力。该批复属于司法解释，具有法律效力。
公安机关以《规定》作为查封不动产的依据，其中第43条明确，已被有关国家机关依法查封、冻结的涉案财物，不得重复查封、冻结。需要轮候查封、冻结的，应当依照有关部门共同发布的规定执行。查封、冻结依法解除或者到期解除后，按照时间顺序登记在先的轮候查封、冻结自动生效。即公安机关轮候查封的，其生效时间并不是协助查封文书送达登记机构之时，而是自首封机关依法解除查封措施或者到期失效后，才自动生效。故首封法院在查封期限内处分不动产，并且向登记机构送达协助过户文书时，公安机关的轮候查封尚未生效。再者，《规定》同样只是规范性文件，没有《批复》作为司法解释的效力高。故登记机构应该配合首封法院的协助过户要求，并解除公安机关的轮候查封措施，实务中可以在系统里备注《批复》的相关条文内容及解封日期等信息。
