赶紧收藏！2019年高通量单细胞转录组研究都在这里！

10X genomics单细胞测序，是这两年以来在生物科研领域最火的一个技术之一。其实单细胞测序已有十年的历史了，十年来，通量不断提升，成本不断降低，已经到了“旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家”的历史阶段。2013年，单细胞测序技术被《Science》将其列为年度最值得关注的六大领域榜首；2015年再次登上Science转化医学封面。根据小编的调查，以singe cell RNA seq为关键词搜索，通过pubmed的文章检索 ，仅2019年就搜索到了501篇文章，目前，单细胞测序技术在肿瘤、发育生物学、微生物学、神经科学、以及植物学等领域发挥重要作用，正成为生命科学研究的焦点，具有广阔的应用前景。

单细胞测序技术（single cell sequencing）是指在单个细胞水平上，对基因组、转录组、表观组进行高通量测序分析的一项新技术，它能够弥补传统高通量测序的局限性，揭示单个细胞的基因结构和基因表达状态，反映细胞间的异质性。2013年，单细胞测序技术被《Science》将其列为年度最值得关注的六大领域榜首；2015年再次登上Science转化医学封面。目前，单细胞测序技术在肿瘤、发育生物学、微生物学、神经科学、以及植物学等领域发挥重要作用，正成为生命科学研究的焦点，具有广阔的应用前景。接下来请和小编一起浏览2019年基于10x Genomics测序技术发表最新文献：

1，单细胞RNA测序解析单个植物细胞之间的分子关系

2019年作为植物单细胞高通量研究元年，连续四篇拟南芥植物单细胞研究文章高分发表，引燃科研“朋友圈”，植物物种终于可以攻破细胞壁难解离技术问题，利用10X Genomics一体化单细胞高通量分离建库技术，实现精细化、规模化的细胞内基因表达、调控研究等，让植物表达调控研究 “梦想照进现实”。

2，单细胞测序揭秘胚胎发育过程

　　2019年2月20日，《Nature》在线刊发两篇文章：剑桥大学Blanca Pijuan-Sala等多位科学家分析了超过11万个单细胞转录组数据，记录了小鼠受精后6.5-8.5天——哺乳动物原肠胚形成阶段的胚胎发育细胞谱系；华盛顿大学医学院研究团队分析了来自受精后9.5 - 13.5天的61个小鼠胚胎约200万个单细胞转录组数据，记录了原肠胚的3个胚层发育为不同器官的“小鼠器官发生细胞图谱”。两项工作前后衔接，跨过了从小鼠原肠胚形成到器官分化的重要胚胎发育过程，从分子水平上为哺乳动物胚胎发育和细胞分化轨迹提供了全景数据。

发表时间	发表文章	杂志名称
2019年2月	A single-cell molecular map of mouse gastrulation and early organogenesis.	Nature
2019年2月	The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis	Nature

3，天津生物芯片整理2019年1-6月基于10X genomics测序发表文献

那么，为什么要使用单细胞测序？

单细胞基因组测序通过在单个细胞水平上进行测序，解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题，为科学家研究单个细胞的行为、机制等提供了新的方向。单细胞基因组测序主要包括四个步骤：单细胞分离→全基因组扩增→高通量测序→数据分析。其中，单细胞分离及全基因组扩增对最终结果的准确性起到了关键作用。另一种是提取RNA，构建转录本调查不同细胞转录水平的差异。也就是单细胞测序分为：单细胞全基因组测序和单细胞转录组测序。

单细胞转录组测序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq)是在单个细胞水平对mRNA进行高通量测序的一项新技术，原理是将分离的单个细胞中微量的mRNA通过扩增后再进行高通量测序。单细胞转录组测序能够有效解决组织样本细胞异质性以及常规RNA-seq被掩盖的细胞群内的转录组异质性难题，有助于发现新的稀有细胞类型，并深入了解细胞生长过程中的表达调控机制。

基于10x Genomics新Chromium系统，利用油包水的微反应体系，通过序列标签（cell barcode和UMI）区别群体中的不同细胞和转录本，获得单细胞水平的基因表达谱，可实现数千甚至上万个单细胞群体分析，解决常规scRNA-seq方法在通量或扩展性方面存在的不足，为单细胞研究开拓新的思路。