TCGA based integrated genomic analyses of ceRNA network and novel subtypes revealing potential biomarkers for the prognosis and target therapy of tongue squamous cell carcinoma
这是一篇2019年发表在plos one 的纯生信文章。
通过搜索“舌鳞状细胞癌”,从Gene Omnibus(GEO)数据库(http://www.ncbi.nlm./geo/)下载TSCC(GSE30784,GSE13601和GSE28100)的3个基因表达谱。 “(2019年1月)。基于Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array和U95 Version 2 Array确定GSE30784和GSE13601。 GSE28100的平台是Agilent-021827人miRNA微阵列(V3)(miRBase释放12.0 miRNA ID版本)。
5.与预后相关的DEmRNA,DElncRNA和DEmiRNA
通过使用R的survival包进行生存分析以评估差异表达的RNA在TSCC患者中的预后价值。根据每一个DEmRNA,DElncRNA和DEmiRNA的各自表达量数据,将所有样品分成高表达组(大于中位数)或低表达组(小于中位数)。使用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线。采用对数秩检验来评估统计学显著性。 P <0.05被认为具有统计学意义。