在前面得到差异lncRNA、差异mRNA和差异miRNA的结果,现在我们需要将建ceRNA,思路是:先通过mircode数据库找到差异的lncRNA的靶基因miRNA,并去除非差异的miRNA,然后利用上一步筛选出来的差异的miRNA,利用miRDB,miRTarBase,TargetScan数据库寻找相应的mRNA,去除非差异的mRNA,最后通过两两关系使用cytoscape构建网络 我一般会建两个文件,一个是前面得到的lncRNA-miRNA,miRNA-mRNA的关系文件,一个是label文件,文件中第一列为lncRNA、miRNA、mRNA,第二列是相应的类型,第三列是表达上调还是表达下调,具体的可以根据自己要求来做 ceRNA的构建最重要的就是关系的建立,这些需要依赖于数据库,或者说是依赖于大量的实验验证的结果。 |
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