分享

TCGA数据库ceRNA网络构建(三)ceRNA网络构建

 心随所愿zh 2019-12-24
在前面得到差异lncRNA、差异mRNA和差异miRNA的结果,现在我们需要将建ceRNA,思路是:先通过mircode数据库找到差异的lncRNA的靶基因miRNA,并去除非差异的miRNA,然后利用上一步筛选出来的差异的miRNA,利用miRDB,miRTarBase,TargetScan数据库寻找相应的mRNA,去除非差异的mRNA,最后通过两两关系使用cytoscape构建网络
我一般会建两个文件,一个是前面得到的lncRNA-miRNA,miRNA-mRNA的关系文件,一个是label文件,文件中第一列为lncRNA、miRNA、mRNA,第二列是相应的类型,第三列是表达上调还是表达下调,具体的可以根据自己要求来做
在这里插入图片描述
ceRNA的构建最重要的就是关系的建立,这些需要依赖于数据库,或者说是依赖于大量的实验验证的结果。

    本站是提供个人知识管理的网络存储空间,所有内容均由用户发布,不代表本站观点。请注意甄别内容中的联系方式、诱导购买等信息,谨防诈骗。如发现有害或侵权内容,请点击一键举报。
    转藏 分享 献花(0

    0条评论

    发表

    请遵守用户 评论公约

    类似文章 更多