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TCGA的差异分析往往都能得到很多的差异基因，足以让我们进行后续的分析，这里要介绍的套路就是同时利用TCGA的mRNA，lncRNA，miRNA发挥作用，构建ceRNA，这样的结果一般都不会太差。这里可以给大家介绍一篇比较新的文章，这篇文章发表在Pathology & Oncology Research，该期刊的IF为1.935，也就是准两分的SCI。这篇文章的链接为：https://doi.org/10.1007/s12253-019-00655-8 这篇文章主要思路就是利用TCGA转录组数据进行构建ceRNA，然后对差异基因进行功能分析，对关键的lncRNA进行生存分析，同时分析lncRNA与相关的mRNA的相关性，并且利用GEO数据进行了一下验证。 文章摘要： lncRNA-miRNA-mRNA的整合中心轴在肿瘤发展和进展中起关键作用。然而，lncRNA-miRNA-mRNA在食管癌中的调节作用仍然难以捉摸。利用TCGA数据库研究食管癌（ESCA）和正常食管组织中lncRNA，miRNA和mRNA的差异表达，并利用GEO数据库进一步验证关键基因的表达谱。将TCGA数据库中的差异lncRNA提交给Starbase，并使用Kaplan-Meier和log-rank检验分析与总体存活相关的lncRNA。我们发现145个lncRNAs，112个miRNA和2000个蛋白质编码mRNA在ESCA样本中差异表达，这些样本紧密参与染色体分离，通过GO测定进行细胞外基质组装，KEGG测定揭示差异表达基因与细胞周期，细胞凋亡和细胞凋亡的相关性。 cGMP-PKG信号通路。此外，在ceRNA网络中有291个节点，其由40个lncRNA，28个miRNA和233个mRNA组成，并形成677个关系。此外，TCGA数据库中10个lncRNA中的6个与GEO数据库一致，TCGA数据库中10个mRNA的表达与GEO数据库均表现出相同的趋势。值得注意的是，我们发现8个lncRNA（WDFY3-AS2，CASC8，UGDH-AS1，RAP2C-AS1，AC007128.1，AC016205.1，AC092803.2和AC079949.2）与ESCA患者的总体存活率相关。关键的差异表达基因参与ESCA的发展和进展，因此阐明lncRNA-miRNA-mRNA的功能将为ESCA患者提供新的治疗靶点。 |
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