微生物物种鉴定 | 泽塔生物科技

目前全球发现的微生物种类仅占1%左右，大量潜在微生物新种正被逐渐发掘，传统微生物新种鉴定工作是一项跨多学科、专业化程度高、经验依赖性强、技术操作复杂、耗时较长并且成本较高的工程，涉及数十项专业技术项目。

随着基因测序技术快速发展，微生物新种鉴定工作大大简化，很多传统鉴定技术，如DNA-DNA杂交技术，G+C含量测定（高效液相色谱法，HPLC）等，检测周期长，操作繁琐并且成本较高，将逐渐被全基因组测序技术所取代。基于全基因组测序，采用先进的平均核苷酸一致性（ANI）作为基因组测序物种鉴定技术，准确识别新发现微生物，在基因组层面测定（G+C）%，同时可对功能基因深度发掘。

ZetaBio利用全基因组测序技术，一次实验完成菌种准确鉴定、（G+C）%测定、功能基因检测，并同时获得待测菌株的基因组序列，方便进一步的深入研究工作。

IJSEM：Genome sequencing data required with Taxonomic Descriptions

新种的发表，需要提供全基因组测序数据。

应用范围：

• 罕见菌的准确鉴定；
• 新菌种的快速识别确认；
• 专利菌株侵权鉴定；
• 易混淆菌种的可靠鉴定；
• 细菌/古菌新种的鉴定发表；
• 购买的菌种复核；
• 16S rRNA无法判断的菌种鉴定；
• 取代DNA-DNA杂交实验；
• 取代Tm值法及HPLC法的(G+C)含量测定……

细菌/古菌新种准确识别：

葡萄球菌属（Staphylococcus）中有超过40个物种，其中金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus, S. aureus）是临床常见病原菌，近些年，陆续从临床感染性疾病病人、非人灵长类动物及小鼠中分离到葡萄球菌属的另外两个分支。基于表型相关数据，这两个分支曾一度被认为是S. aureus，并且他们与S. aureus有着极为相近的16S rRNA基因序列，但全基因组测序发现，虽然这两个分支与S. aureus很近，但能明显的看到他们与S. aureus分为不同的分支（与S. aureus的average nucleotide identity（ANI）值均＜95 %）。结合更多的证据，这两个葡萄球菌分支被分别定义为新种Staphylococcus argenteus sp. nov. (type strain MSHR1132^T=DSM 28299^T=SSI 89.005^T)和Staphylococcus schweitzeri sp. nov. (type strain FSA084^T=DSM 28300^T=SSI 89.004^T)

ZetaBio物种鉴定案例：

23株pantoea sp. 菌株物种判断，准确识别受测菌株IMH的物种分类地位，同时矫正了GeneBank中的部分菌株的分类不明确或分类错误。

Fig. Average Nucleotide Identity (ANI) (%) based on whole genome alignments. ANI values are colored red according to historical species cutoff value (≥96%). Strains in one species are marked out the same color.

利用全基因组测序技术，准确识别出疑似“新种”，并结合更多其它方法，确认发现并命名了一株新“属”Haloprofundus sp.，同时定义了该属中的第一个模式物种Haloprofundus marisrubri SB9^T (=JCM 19565^T=CGMCC 1.14959^T)

Fig. Average nucleotide identity (ANI) values between the genome of strain SB9^T and closely related genomes in GenBank

利用基因组测序技术及细菌/古菌基因组数据库，涵盖超100,000菌株基因组数据，其中超过4400多个菌株经ATCC、 JCM、 DSMZ等验证，数据库持续更新。

技术优势：

1. 使用国际认可微生物分类“金标准”技术，可靠鉴定到“种”；
2. 不依赖16S rRNA，无需设计特异性引物探针；
3. 数据库持续更新，及时识别出可疑“新种”；
4. 对于少数物种混合的样本或者难以分纯的细菌，可进行初步分别物种鉴定；
5. 输出结果丰富，包括：全基因组ANI物种鉴定、 16SrRNA序列检出、（G+C） %检测等。