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中医学中一切能致病的因子统称为“邪气”，既有外来之邪，又有内生之邪。把人体的抗病能力称为“正气”。疾病的过程，从正邪关系来说是正邪斗争的过程。正邪斗争的消长盛衰决定着疾病的发生、发展变化及其转归。因此，治疗疾病的一个基本原则，就是扶正怯邪，使疾病早日向好转、痊愈的方向转归，使机体早日康复。扶正，是辅助机体的正气，排除或消弱病邪侵袭和损害。这是中医治疗疾病的基本法则之一。
肠道的微生态平衡是人体保持生态平衡，进行生长发育和保持“正气”必需的条件，肠道生态的平衡为人体提供正常生理机制和免疫防御的必要保障。肠道正常菌群保持优势力量是保证宿主“正气”的主要力量，而肠道微生态失调的各种因素，是导致人体“邪气”产生的因素。微生态学认为微生态失调是微生物致病的本质。
人体微生态平衡与中医“邪正”相争机制的相关性，体现于人体内菌群及免疫功能的平衡和非平衡关系中，通过运用微生态学原理与方法来研究中医邪正发病学说，可以从微观层面揭示“邪正”发病学说的物质基础及其变化规律，进而促进微生态学与中医学的结合与发展。外邪入侵，正气奋起抗邪，常表现为邪正激烈相争。与之相应的是，人体的内环境（微生态和免疫功能）也发生相应变化，邪盛时期以微生态菌群失调变化为主，微生态系统由相似于中医的正气（平衡）向邪气（失平衡）转化，补充原籍菌可以起到中医“扶正”的作用。当菌群失调引起腹泻时可通过补充微生态制剂（如双歧杆菌、乳酸杆菌）以调整菌群紊乱，恢复其相对平衡，使原籍菌与外籍菌共生，两者相安无事，则腹泻可止，进而可达到扶正祛邪的目的。
有学者提出“矫正生态失调，保持生态平衡，间接排除病原体”的微生态调整观念。“正气存内，邪不可干”，中医的“祛邪扶正”治则与微生态调节之间有着相通之处 。所以说，中医的扶正祛邪治则与微生态调节之间有着相通之处。
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