基因组癌症分析新工具--GSCALite

转自： 生信人

小编最近发现了一个在线分析的新工具分享给大家，GSCALite: A Web Server for Gene Set Cancer Analysis，一个用于癌症和药物敏感性相关性基因集的动态分析和可视化的在线工具。

http://bioinfo.life./web/GSCALite/

GSCALite，整合了来自TCGA的33种癌症类型的癌症基因组学数据，来自GDSC和CTRP的药物反应数据以及来自GTEx的正常组织数据，用于在一体化数据分析工作流程中进行基因集分析。分析完成后，用户可以将所有结果和数据下载。

GSCALite主要的功能模块：

差异表达和生存分析；基因组变异及其对应的生存分析；基因表达与癌症通路的相关性；miRNA调控网络；基因的药物敏感性分析；基因集的组织表达和eQTL分析。

GSCALite只需要在页面输入感兴趣的基因集，选择癌症或组织类型以及分析方式就可以进行在线分析（这里以在线工具给出的示例基因集进行演示）

TCGA Cancer层面分析

mRNA Expression：

Single Nucleotide Variation：

Copy Number Variation：

Methylation：

Pathyway Activity：

miRNA Network：

Drug Sensitivity

GTEx Normal Tissue

GTEx Expressiom

GTEx eQTLE

可以看出GSCALite对不同癌症或组织类型以及不同方式的分析有着多方面的展示，对癌症研究人员具有广泛的用途。