| 共 26 篇文章 |
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整合大规模的人类转录因子靶基因数据，综合考虑转录因子结合位点及基因组表观修饰状态对转录因子结合的影响，采用统一预测方法预测了相对可靠的人类转录因子靶基因，并构建了开源的人类转录因子靶基因数据库，同时分析了转录因子的细胞系特异性调控、转录因子间的协作调控等。因此，检测转录因子的靶基因是研究转录因子调控的基础，而不同条件... 阅3242 转23 评0 公众公开 20-09-05 21:30 |
TCGA各种肿瘤数据的20多种不同玩法/挖掘方法。1、首页（www.aipufu.com）–>所有产品分类–>动物–>人–>TCGA-各类肿瘤数据–>查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线（TCGA数据）；**产品功能：****《查询各类肿瘤不同性别、年龄、种族、临床分期的生存曲线（TCGA数据）》**产品利用TCGA数据集中肿瘤的各种临床... 阅439 转4 评0 公众公开 19-11-17 09:41 |
生存分析数据库: LOGpc.该数据库的另一特色是可以将TCGA和GEO（及CGGA）的数据进行合并，以获得最大的样本量进行生存分析，如胶质瘤，有个combined选项及为整合多个GSE数据集和TCGA、CGGA的数据进行分析。在胶质母细胞瘤中以BRCA1为例，选择combined综合TCGA+GEO+CGGA数据，生存曲线如下：由上图可见，BRCA1单纯在胶质母细胞瘤的TCGA里没有预后... 阅1762 转12 评0 公众公开 19-10-30 21:52 |
基因组癌症分析新工具--GSCALite.http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GSCALite/GSCALite，整合了来自TCGA的33种癌症类型的癌症基因组学数据，来自GDSC和CTRP的药物反应数据以及来自GTEx的正常组织数据，用于在一体化数据分析工作流程中进行基因集分析。GSCALite主要的功能模块：GSCALite只需要在页面输入感兴趣的基因集，选择癌症或组织类型... 阅2868 转26 评0 公众公开 19-08-14 22:30 |
浅谈Deeptools.知道了DeepTools的满腹才华，如何才能发挥DeepTools的作用呢？· 将基因组划bin，通过bam文件计算每个bin reads的覆盖度（Coverage）· multiBamSummary bins --bamfiles H3K9me3.sort.bam H3k27me3.sort.bam H3K4me3.sort.bam H3K4me1.sort.bam input.sort.bam --minMappingQuality 30 --region 1 --labels H3K... 阅292 转1 评0 公众公开 19-08-12 10:20 |
clinical_data.clinical_M.clinical_data.clinical_N.Extent of the regional lymph node involvement for the cancer based on evidence obtained from clinical assessment parameters determined prior to treatment.clinical_data.clinical_T.clinical_data.clinical_stage.clinical_data.days_to_initial_pathologic_diagnosis.clinical_d... 阅883 转5 评0 公众公开 19-08-09 17:11 |
那个碉堡的TCGA可视化网站GEPIA升级了。2.癌症没有亚型分析。1.选择基因（有目的基因的自行跳过）不分亚型，出来的结果是这样的：简单说来就是，看到第二只龙死了，心都凉了，居然没什么差异，我们再来尝试亚型的生存分析这回的结果是这样的：这个真不得了，高表达这个基因的三阴性乳腺癌病人，不容易死。如果我们不分亚型，就会错过这么一个有... 阅91 转0 评0 公众公开 19-07-28 23:56 |
文章解读 | 肿瘤免疫互作软件工具数据库全收录。然而，肿瘤细胞可以通过上调免疫细胞表面的免疫检查点分子，也就是免疫“刹车”，来逃脱免疫系统监测，如细胞毒性T淋巴细胞相关蛋白4（CTLA4），或者程序性细胞死亡1（PD1，也叫PDCD1）。高肿瘤特异性的抗原——即由肿瘤细胞表达但不由正常细胞表达——具有引发肿瘤特异性免疫应答的潜力，因此癌... 阅1 转自墨_h 公众公开 19-07-10 15:56 |
（资源帖）S5E28: lncRNA常用数据库大盘点(上)9. lncRNAs Atlas (LNCat)：http://biocc.hrbmu.edu.cn/LNCat/LNCat is a comprehensive database resource that stores the information of 24 currently available lncRNA annotation resources, provides genome browser of lncRNA structures for each resource and visualization of compr... 阅1 转自yjt2004us 公众公开 19-06-27 14:03 |
## 来源于 XENA 数据源：# https://gdc.xenahubs.net/download/TCGA-LAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.survival.tsv.gzclin1=read.table(''../data/TCGA-HNSC.survival.tsv.gz'',header = T)[,2:4]clin1$pid=substring(clin1[,2],1,12)head(clin1)clin1[,3]=clin1[,3]/30clin1[clin1[,3] <0,3]=0.DSS: disease-specific surviv... 阅1436 转11 评0 公众公开 19-06-18 13:49 |
