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转自 科研谷 我们曾经为大家介绍过很多生存分析的在线数据库，如：收藏 | 10大生存分析网页版工具，这些工具可快速帮助大家查询到所感兴趣的基因的预后意义。但同一基因可能在不同数据库中产生相反的结论，这主要是由不同的数据来源和不同的cutoff值而致，有用TCGA的，有用GEO的，有综合多个数据集的。这类数据库多多益善，设计课题时把目标基因在数据库中过一遍，说不定就能有p＜0.05的生存曲线。今天再为大家分享一款在线生存分析的数据库：LOGpc LOGpc即Long-term Outcome and Gene Expression Profiling Database of pan-cancers LOGpc由河南大学郭向前教授开发 首页如下，可按照器官系统和病理类型选择相应的肿瘤，除各大癌肿如肺癌、食管癌、胃癌、结肠癌、宫颈癌、乳腺癌、泌尿系CA、肝胆胰CA等以外，比较有特色的如：葡萄膜黑色素瘤、平滑肌肉瘤、子宫癌肉瘤、粘液纤维肉瘤、内分泌肿瘤、胶质瘤（包含TCGA+GEO+CGGA数据）、 梅克尔细胞癌 该数据库对各个癌肿的GEO数据收录得相当全面，如乳腺癌，就有几十个GSE数据集被纳入，且会根据年龄、ER、PR、HER2、淋巴结转移等进行亚组生存分析 该数据库的另一特色是可以将TCGA和GEO（及CGGA）的数据进行合并，以获得最大的样本量进行生存分析，如胶质瘤，有个combined选项及为整合多个GSE数据集和TCGA、CGGA的数据进行分析 具体生存分析时，可选OS（overall survival）、DFI（desease free interval)、PFI(progression free interval)、DSS（desease specific survival），还可以灵活选择cutoff值 在胶质母细胞瘤中以BRCA1为例，选择combined综合TCGA+GEO+CGGA数据，生存曲线如下： 此外还会分别出现TCGA和GEO和CGGA的数据 （单纯利用TCGA的数据p＞0.05,这与GEPIA的分析结果相似） 由上图可见，BRCA1单纯在胶质母细胞瘤的TCGA里没有预后意义，但是在GEO和CGGA数据库中均有意义，一整合也是有预后意义的。在探究某个基因预后意义时，把这么多数据库都过一遍，说不定就能得到阳性结果，有需要的朋友们多试试数据库吧~ LOGpc网址： http://bioinfo./DatabaseList.jsp |
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