北府名将何无忌在豫章与卢循的鬼军遭遇，结果持节战死，都城建康外围的州郡防线全线崩溃，京师乱成一团，有人建议晋安帝北逃燕地，投奔刘裕的北伐军。
灭燕后的刘裕这时已经赶回下邳，率领精锐南归，走到山阳（淮安），听到何无忌战死，京师危急，于是撇下大军，只带了几十护卫，昼夜兼程，赶回京口。
这时各地勤王的军队也陆续进入建康，青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜、豫州刺史刘毅准备出征迎击卢循的鬼军。
刘裕知道刘毅要出兵的消息后，在京口给刘毅写信，劝他等自己率京口的北府兵到达再一起出兵。
刘毅不听，率本部两万水军迎击卢循，在桑落洲与鬼军相遇决战，结果两万晋军全军覆灭，刘毅带仅剩的几百人逃走。
卢循乘胜势正准备进军建康，却听到刘裕到达京师的消息，卢循与属下将领相顾失色，准备退往浔阳，只有卢循的姐夫徐道覆坚持进军建康，卢循犹豫几天后，才率大军继续向建康进发。
在卢循犹豫不决的这几天，刘裕花重金招募新军，重新布置防御工事，沿江设置栅栏、修筑查蒲、药园、廷尉三堡垒，把重点防御设在石头城，卢循还在犹豫不决，刘裕的备战已经完成。
此时卢循才下令攻击，刘裕坚守不出，双方相持两个多月，互有胜负。
这时，刘裕伐燕收降的一千重甲鲜卑骑兵赶到，这些骑兵全身铁甲，只露出眼睛，战马全身皮甲，骑兵手持重槊。
刘裕派朱龄石和索邈率领刚刚赶到的一千重甲骑兵出击，直冲卢循攻城的鬼军，卢循大败，粮草又不足，退回浔阳，打算西取荆州。
刘裕一面派王仲德、蒯恩、孟怀玉咬住卢循大军紧追，自己率大军随后跟进；另一面派孙处、沈田子乘楼船战舰率军三千从海上偷袭卢循的老巢番禺（广州）。
鬼军徐道覆的三万水军在进攻江陵时，被刘穆之及其手下将领檀道济、到彦之的荆州军的围攻，损兵一万，退回九江与卢循合兵一处，向东进发，被刘裕率领的追兵追上，刘裕纵火焚毁了鬼军的大量战船，卢循败走浔阳，再被刘裕击败，卢循与徐道覆率几千残部向始兴、番禺退却。
晋军穷追不舍，攻克始兴，杀死徐道覆；孙处和沈田子的三千水师从海上攻下番禺，卢循率军反攻番禺，被尾随追击的晋军和番禺城内的晋水军，内外夹击，卢循损兵一万多人后，向西退却。
孙处、沈田子率军追击，穷追不舍，连战连捷，卢循逃到了合浦，率三千鬼军袭取了合浦，与九真（今越南清化）土著合兵，共八千兵马船只进攻交州龙编（今越南慈山），被东晋交州刺史杜慧度火烧战船，卢循军大败，身边鬼军仅余几十人，长生人鬼军彻底溃亡。
公元411年，战败的卢循迫姬妾两百多人投水后，投水而亡，东晋孙恩、卢循五斗米道长生人之乱终。
刘裕平定大天师卢循之乱，又一次拯救了东晋朝廷后，被东晋朝廷晋封为太尉，刘裕离自己代晋称帝的目标又进了一大步，接下来就是清除自己称帝的阻碍，刘裕要向昔日自己的战友下手了，而这些人也在拼命想办法保全自己。。
刘裕想要称帝的阻碍还有东晋那些树大根深、势倾天下的高门士族门阀豪族。。
灭孙恩，讨桓玄复晋，北伐灭南燕，败卢循，刘裕的军事才能展露无余，但“称帝”还需要杰出的政治能力，战神刘裕面临考验。。
题内话：卢循出身范阳卢氏，是东汉末年名士、讨伐黄巾军的名将卢植（刘备的老师）的后人。西晋八王之乱中，卢循的高祖卢志是成都王司马颖的下属，随司马颖反叛，兵败被杀。
中原大乱时，曾祖卢湛逃到江东，卢氏家族本是高门世族，但过江过的晚，在江东没有根基，做不到官，没资格和高门士族联姻，开始没落，卢循不得已娶了庶族寒门出身的五斗米道大天师孙恩的妹妹为妻，被孙恩裹入长生人邪教之乱中。
