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导读 1 研究内容： 局灶感染理论上可发生在人体的任一器官，明确感染病原体是疾病诊断及患者预后的关键之一 。近来已有多篇mNGS用于血流、呼吸系统、中枢神经系统以及骨关节感染方面的文章发表。目前缺乏mNGS用于局灶感染方面探究，因此，本文重点探究mNGS在局灶感染方面的临床应用及诊断价值。  局灶感染可发生在人体的不同部位 2 入组标准 本研究纳入2017年3月-12月在华山医院就诊的98位疑似局灶感染的患者，局灶感染的判断标准如下：  局灶感染的判定标准 所有采集的样本进行培养、涂片或组织样本进行组织病理或细胞学检测，另外，临床医生可按需进行其它传统微生物检测如Xpert MTB/RIF，同时送检mNGS检测，对于mNGS阳性样本进行PCR复核。根据检测结果，最终分为确诊的、可能的、以及非局灶性感染三类，具体临床的诊断标准如下：  局灶感染最终诊断标准 3 研究结果 98例入组患者中，确诊的局灶感染67例，可能的局灶感染6例，非局灶感染22例，具体各方法学的检测结果见下图：  入组患者的最终诊断结果 与培养、其它传统方法学相比，mNGS阳性率一致率显著提高，不同方法学联合可进一步提高局灶感染的阳性率。  不同方法学在检测局灶感染方面的结果对比 本研究中，肺炎克雷伯菌检出的样本个数位居第一，mNGS首次协助临床诊断了猪疱疹病毒的跨物种传播，也检出了培养阳性率很低或耗时的病原体如创伤弧菌、结核分枝杆菌复合群等，具体检出病原体的分布可参见下图：  mNGS与培养检出的病原菌分布 与传统微生物方法如涂片、培养相比，mNGS的TAT在31-55个小时之间。虽然部分病原体传统方法可以在24小时以内给出革兰氏染色结果，但阳性率相对较低而且难以鉴定到具体菌种，因此mNGS对于特定的菌种有一定的时间优势。  mNGS与培养、涂片方法学的TAT对比 4 总结讨论 本文进行了一项mNGS用于局灶感染的单中心研究，结果表明mNGS可用于多种局灶样本类型的检测以及为局灶感染提供有价值的检测结果。 文章作者之一，微远基因李永军认为，既往研究成果主要集中在案例报道和小样本的方法学评估，2019年关于方法学评估的研究将会持续进行，将会进一步细分到不同的感染领域。未来方向以大样本和大数据为基础，对mNGS的现有流程进行不断的优化和标准化，进一步提高mNGS的检测性能。 参考文献 [1] Hao-Cheng Zhang , Jing-Wen Ai , Peng Cui , Yi-Min Zhu , Yong-Jun Li , Wen-Hong Zhang , Incremental value of metagenomic next generation sequencing for the diagnosis of suspected focal infection in adults, Journal of Infection (2019), doi: https:///10.1016/j.jinf.2019.08.012 IDseq™为疑难危重感染保驾护航 IDseq™从海量宏基因组数据中探明感染微生物，实现感染性疾病病原体的快速、准确和全面鉴定，辅助临床感染诊疗，为疑难危重感染保驾护航。  我们深深明了，每一份珍贵标本的背后， 都有一位亟待救治的病患。 |
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