研究发现新一代测序更适合Alport综合征的基因检测 | 资讯

 

 研究发现，与传统Sanger测序相比，新一代测序（NGS）可能在疑似Alport综合征（Alport syndrome，AS）患者的基因检测方面更具优势。

两种测序方法都具有很高的诊断能力，但NGS能够识别出Sanger测序遗漏的有害突变，并能够检测可能被误诊为AS的其他遗传性肾病。

该研究发表于《分子遗传学和基因组医学》（Molecular Genetics & Genomic Medicine）杂志，标题为：“Alport综合征遗传学诊断传统和全面测序方法的比较”（Comparison between conventional and comprehensive sequencing approaches for genetic diagnosis of Alport syndrome）。

AS是一种由COL4A3、COL4A4和COL4A5基因突变引起的遗传病，这3个基因（负责）为制造IV型胶原α链蛋白质组分提供指令。这种蛋白质对支持许多组织细胞至关重要，尤其是肾脏、眼睛和内耳细胞，这也是AS主要会影响这些器官功能的原因。

当医生根据症状或家族史怀疑就医者罹患该病时，会要求其进行基因检测以获得明确诊断。这些测试运用广泛并且具有高准确度。

Sanger测序是通常用于AS遗传诊断的方法，但使用该技术筛查全部3个基因却是耗时且昂贵的。Sanger测序只能对短的DNA片段进行测序，因此需要很长时间才能完成对长基因的测序，而且对一个人所有的基因（基因组）进行测序是不切实际的。

最近，NGS加快了这一过程（仅需几天到几周就可以对人类基因组进行测序），而且降低了成本。

NGS能够对许多基因进行全面筛查，并具有超过Sanger测序的潜在优势——能够检测COL4A3-5之外的基因突变，这些基因突变会导致其他遗传病，比如可能被误以为是AS的肾脏疾病。

不过，很少有研究使用NGS对AS患者进行全面基因检测，也没有研究关注和比较过NGS与传统Sanger测序在识别AS致病突变方面的效果。

因此，在这项研究中，日本神户大学医学研究院的研究人员试图比较两种方法对AS的筛查效果。

该团队招募了441名临床疑似AS患者，并从患者血液样本中收集DNA进行了基因筛查。

参与者被分为两组，一组患者使用NGS进行靶向外显子组测序基因检测（147名患者）；另一组中，通过Sanger测序筛查患者的COL4A3-5突变（294名患者）。

外显子组测序意味着只对基因的蛋白质编码区进行测序。这里使用了一种靶向方法——不是对整个基因组进行测序，而是仅分析由研究人员预先选择的定制基因组。

结果显示NGS组中，126名患者（86％）AS检测为阳性，2名受试者的其他基因——NPHS1和EYA1中存在有害突变。

已知这些基因的改变会导致其他影响肾脏和耳朵的遗传病，即先天性肾病综合征和brachio‐otorenal综合征。NGS检测到这些突变有助于医生排除AS并重新诊断患者。

在Sanger测序分析的组中，239名患者（81％）被诊断为AS。但在该组中，13名患者COL4A3-5突变检测为阴性，随后又进行了NGS检测。

结果显示，3名患者确实携带AS突变，2名患者携带与其他遗传性肾病有关的CLCN5或LAMB2基因突变。

总体而言，结果显示Sanger测序和NGS靶向外显子组测序都对临床疑似AS患者拥有高诊断能力，最终变异检测率为90％。

不过，研究人员表示：“发现了使用NGS诊断AS的全面诊断方法的各种益处。”

NGS拥有更高的诊断能力，可识别Sanger测序遗漏的有害突变。而且拥有检测其他遗传性肾病的优势。

原文标题：

Next-generation Sequencing Better for Genetic Testing of AS, Study Finds

译：崔璨     校：曹文东