写在前面:
直接从第三部分开始 3 命令行参数Cytoscape可以识别很多可选的命令行参数,包括network,节点,边和会话文件等数据文件运行规范,这些文件是可以输出的(有h或help flag)
任何一个指定的文件,都可以被定义为一个路径或URL,例如,你可以指定一个文件为一个网络(假如文件在当前的工作目录存在) 4 Quick Tour of Cytoscapeimage.png
2.png
就可以了。如果点击 3.png
可以隐藏面板,当想再次出现的时候就可以通过选择菜单View-Show相应的面板就可以了。
Network Editing 网络编辑Cytoscape有编辑功能,这可以让你在网络画布上建立或编辑交互式网络。想编辑的话,只要在网络窗口空白的地方右击Add-node,一个新的节点就会被增加。想增加一个边的话,右击一个节点(会显示黄色),然后右击Add-Edge,接着会出现一条线,选择目标节点(target node)就可以,这样两个节点之间的边就有了。同样的方法,如果右击一个边(edge),可以选择add,那么可以添加各种说明和文本框,这点很像MS的ppt或类似的软件。关于这点会在5.6部分详说。 4.3菜单File文件File菜单包含几乎所有基本的文件功能。File-open可以打开cytoscape会话文件。New可以产生新的网络,可以是空白的也可以是已经存在的.save可以保存会话文件。Import可以输入网络或数据。Export可以输出数据和image。File-export-network vies as graphics可以以JPEG,PDF,PNG,post script或SVG格式输出你的网络。 Edit 编辑Edit菜单包含剪切,复制和粘贴功能,也有撤销和恢复功能。 View视窗View可以允许显示或因此control panel,table panel,tool panel和result panel。也有其他和视图相关的功能控制。 Select 选择这个功能能提供了选择节点和边的不同选择 Layout显示形式这个菜单可以以多种形式展示network。这个菜单的上部的(Bundle Edges,Clear Edge Bends,Rotate,Scale,Align and Distribute)是控制网路可视化的工具。菜单下面是一系列自动网络输出的一些算法。 APPAPP manager可以管理(安装,更新,删除)你的APP,也可以让已经安装的APP增加一些选择。这都依赖于你安装了什么APP,你的APP可能与这里显示的有点不一样。 Tools工具菜单包含像命令行对话,网络分析,网络合并和工作流程等特征。 HelpCitation有cytoscape和app的文字引用。这会根据你安装的APP不同而不同。 4.4 网络管理
4.5 view navigator视图导航(又叫bird’s eye view鸟瞰图)视图导航可以显示网络的全貌。可以看整个网络。蓝色的矩形框显示显示了当前视图窗口中显示的网络,也可以通过鼠标进行拖曳,看网络的其他部分。Zooming in可以使得矩形框看起来更小。你也可以通过点击航海图标显示或不显示(这个其实就是一个可以全局查看的浮动窗口) image.png
右下角的蓝色图表是打开的状况,再点击就关闭了。 5 产生新的网络有四种不同过的方式可以产生新的网络
5.1输入固定格式Network filesNetwork file可以是supported network formats中描述的任意一种。网络文件可以通过file-import-network menu输入。可以是本地计算机的也可以使网络的但得有个URL地址。 本地计算机导入File import network file或直接点击image.png
工具条。一些不同格式的样品网络文件在cytoscape的samleData里都有。选择文件后,会打开一个会话窗口,这时,你可以选择创建一个新网络合集或载入已经存在的网络。当选择后者的时候,一定要选择正确的列以匹配新的网络到已经存在的网络中。 Cytoscape支持以.TXT和Excel工作表输入网络,路径是File-import-network-file。交互式的GUI允许用户对特定的文件进行一些选择。屏幕也会提供当前条件下文件如何解析的预览。当条件configuration改变的时候,预览会自动更新。除了限定文件如何解析外,用户一定也会选择那些代表source和target nodes的列,还有可选择的边的交互类型。 支持的文件 Import network from table功能支持txt和excel格式的文本。对于有很多工作表的excel工作簿来说,一次只能选择一个工作表。下面是一个table file 的样品。 image.png
Network table file应该至少包含两列才能产生有edge的网络。如果文件只有一列,产生的网络将不会有任何边。这种格式的话,相互作用的类型是可选择的。因此,最小的网络表应该是下面这样的: image.png
一个网络文件表中的一列代表一个边和边数据列。这意味着,一个网络文件可以被认为是一个network 数据和边列数据文件的组合。一个表可以包含很多列,并不都是边数据。在这个例子里,你可以通过点击列头(在预览窗口)来选择不输入那些列。在输入下面这种表格的时候这个功能就很有用了 image.png
这个数据文件是表格限制的text文件,包含交互的网络数据,边数据,节点数据。从这个表输入网络和边数据,选择uniqueID A 作为source,unique ID B作为target,相互作用类型为interactor types。下一步,关闭作为node data 的列(Alternative ID A,speciesB etc),其他的列可作为边数据被输入。 网络输入功能不能输入节点表列-只有边列。想从这个表输入节点列,请参看Nods and edge column data部分http://manual./en/3.4.0/Node_and_Edge_Column_Data.html#node-and-edge-column-data。 基本操作从text或excel输入文件,遵从下面几步 image.png
2.选择要上传的文件 image.png
4.(可选择的)定义edge表列。除了网络数据,网络文件应该还有边列。 5.3 从公共数据库获取网络File-import-network-publicdatabases 5.4 开始通过刚才上面的命令输入 image.png
5.5 示例:从多个数据库获取P-P交互网络
5.6手动产生新的网络或编辑一个网络File-new-network-empty network 右击画布或一个节点 可以编辑已经存在的网络。 加节点
加边想添加一个边连接一个节点,右击source node,选择edit-add edge,下面再点击target node。可以按ESC取消。也可以选择两个或多个节点去链接,路径是add-edges connecting selected nodes,这会产生连接所有选择的节点的边。 如果想删除点或边可以选择后,在选择edit-cut。也可以选择后,edit-deletd selected nods and edges. 如果想恢复删除的点或边,edit-undo 节点组任何数目的节点都可以被组成一组,可以以一组形式展示也可以个体节点展示。若想产生组,那么选择两个或多个节点,右击,Group-group selected nodes。也可以给这个组取个名字。一旦组被建立,可以右击菜单撤销或扩张这个组。你也可以快速撤销或扩张群通过双击组节点或它的任何一个子节点。 添加网络注释在画布的任何地方右击可以添加text,images 或其他形状的注释。可以添加自己的图片,可以选择形状,也可以选择有或无边框的文本。也可以 被编辑。 6Nested NETworks:嵌套网络Cytoscape有可以把潜逃网络和任何节点联系一起的功能。一个嵌套网络可以是任何当前在cytoscape里已经定义的网络。这可以产生嵌套登记就像环形联系图。例如,不同的模块发现插件,可以利用视图网络里发现的嵌套网络。每个节点代表一个包含嵌套网络的模块。 6.1生成嵌套网络现在有两种方式可以产生嵌套网络
6.2嵌套网络的可视化含有嵌套网络的节点,如果缩小的话就可以很清楚的展示嵌套网络了。 image.png
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