NetworkAnalyst是一个在线网站,通过该网站可以方便的分析基因表达谱数据,比如聚类,差异分析,富集分析等等,而且可以基于基因来构建各种相互作用网络,该网站的地址如下
输入数据可以是基因或者蛋白的列表,也可以是基因在所有样本中表达量的表格。对于表达量数据,支持PCA/t-SNE聚类算法来进行聚类和可视化,也支持heatmap, venn图等常见的可视化手段。 对于差异分析,支持下列软件
而且支持case/control比较,时间序列分析,双因子分析等各种差异分析模型。 对于相互作用网络,支持构建以下几种网络
network的构建是基于数据库的,目前该网站支持13个物种的网络分析。 该网站功很强大,本文只展示如何通过该网站构建PPI网络,首先,输入你的差异基因或者对应的蛋白列表。在下图中点击A list of genes or proteins 然后选择物种和输入的ID的类型,示意如下, 其中 首先点击 选择protein-protein interactions 分析,然后选择对应的数据库,这里我选择的是String数据库,示意如下 对于输入的基因,会存在多个网络,首先给出所有网络的汇总,而且提供了 点击 在左侧,默认显示该网络中节点的拓扑属性,示意如下 在右侧,提供了以下4种挖掘算法 Module Explorer就是用来检测网络中的module, 用法如下,选择算法,提交即可 对于检测到的不同modules, 可以用不同颜色标识,展示如下 通过Function Explorer, 可以挑选节点进行功能富集分析,示意如下 通过NetworkAnalyst, 我们可以方便的构建PPI网络,并进行module检测和功能富集分析。 ·end· |
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