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因为没有任何玛丽?赛勒斯特号上的船员或乘客被发现，所以这个导致他们失踪的事件的真相可能永远无法得知。
在1873年初，两艘小型木筏在西班牙被渔夫所发现。其中一艘装载着一具缠着美国国旗的尸体，另一艘则装载着四具尸体。这些尸体曾经被假定为玛丽?赛勒斯特号的船员，不过后来没有经过详细鉴定，就被埋葬在一个坟墓当中。
玛丽 赛勒斯特号在这次事件之后仍然被几位船主使用12年之久。1885年1月，玛丽?赛勒斯特号的最后一任船主将它装载超过保额的货物（其中包括靴子与猫食），打算将它弄沉来索取赔偿。不过这项阴谋没有实现，因为玛丽 赛勒斯特号顺利抵达海地，后续的调查也揭发这场骗局。
2001年8月9日，一组由克莱夫 卡斯勒（Clive Cussler，代表国家水下与海洋组织）率领的探险队与加拿大的电影制作人约翰?大卫斯宣布他们已经在海地发现这艘帆船的残骸。
考古学家詹姆斯 P.德尔加多（James P. Delgado）根据海湾探勘与分析船只的结构、材质、压舱物与被火焚杀的痕迹来确定这些残骸是属于玛丽?赛勒斯特号。这些证据也符合玛丽?赛勒斯特号在历史上的记载。然而其他的研究人员对于这项宣布有所争议。加拿大地质探测与亚利桑那大学的树木年轮研究实验室分析从同一个地点采集的样本，来重建当时的树轮年代。根据这些实验测试，加拿大地质探测的学者认为这些从树木切下来的木材至少在这艘船沉没十年后仍然活着，并被2005年1月23日的独立报所引用。
本杰明?布里格斯船长人们对于玛丽?赛勒斯特号这次的事件有着许多推论。
在许多推测当中，最有可能的推论是：船上装载的桶装酒精导致了这次的事件。布里格斯船长在之前不曾载运过这样危险的货物。9个渗露出酒精的桶子导致储存的酒精蒸发。历史学家柯瑞德?贝耶斯相信布里格斯船长下令将它们打开，导致毒气与蒸汽暴冲出来，所以船上发生爆炸。布里格斯船长于是匆忙的下令每个人搭乘救生艇，但是没有确保与玛丽?赛勒斯特号之间紧密的相连。而风将玛丽?赛勒斯特号吹离他们搭乘的救生艇，于是他们可能淹死、饿死、渴死或晒死。
其他推论也将事故发生的原因归咎于酒精，不过是以不同的理由。他们认为这些船员想要打破桶子来喝这些酒精，于是杀死布里格斯船长，最后偷走救生艇逃亡。
另一个理论则是认为因为布里格斯船长太过残暴，导致船员发生叛乱，所以船长与他的家人被杀，然后他们以救生艇来逃亡。但是根据历史纪录，布里格斯不是这种会造成船员叛乱的船长，大副亚伯?理察森与其他船员也拥有良好的声誉。
另一个推论是指他们遇到海龙卷，这种情况下玛丽?赛勒斯特号附近的海水可能被龙卷风吸走，导致船只下沉。这种理论可以解释为什么玛丽?赛勒斯特号被德?格瑞第亚号发现的时候会湿透了，也可以说明栏杆受创、破裂的罗盘与消失的救生艇。
进一步的论点指出地震在船只下方爆发，造成9桶酒精（450加仑）流入舱底。地震还松脱位于甲板上炙热火炉的通道，导致燃烧的余烬造成帆布着火。因为看到酒精燃烧而引起乘员的恐慌，他们于是弃船逃生。等到火灾平息之后，他们试图返回到船上，但是失败了，于是最后全部的船员死在海上。
布莱恩 希克斯（Brian Hicks）与史坦利?史匹哲（Stanley Spicer）在最近的出版的著作中提倡布里格斯船长在无风时打开货物通风的理论，并认为这些散发来的有毒酒精造成船长与船员的恐慌，于是他们避居到小船上，但是因为连结并不稳固，加上气候及风向的转变，造成他们被吹离玛丽?赛勒斯特号。
希克斯宣称在媒体的档案纪录中，玛丽?赛勒斯特号所载运的是毒性更强的甲醇，虽然没有任何证据支持这个说法。
最近一份研究显示：当时他们遇到暴风，加上布里格斯船长可能认为他们已经接近亚速群岛，而且已经有一具帮浦故障，所以下令弃船，准备上岸，但事实上，当时玛丽?赛勒斯特号距离亚速群岛仍然有100公里远。 1884年，著名侦探小说作家柯南?道尔发表了一篇以该事件为原型的小说，他笔下绘声绘色的奴隶复仇故事又一次掀起了世人推测“玛丽?赛勒斯特”号命运的热潮。但“玛丽。赛勒斯特”号“幽灵船”上究竟发生过什么，一直是航海史上的一大谜题。
最近的一项调查再现了当时最有可能出现的情景，这项调查的发起人是纪录片《“玛丽 赛勒斯特”号真相揭秘》的创作者兼导演，美国纪录影片制片人安妮，麦格雷戈。她从2002年开始运用最新的科学技术，试图解开这一百年之谜。
在排除了船上船员行凶，以及发生爆炸这两种可能性后，麦格雷戈怀疑，“幽灵船”是船员主动弃船的结果。
奇怪的“百里大漂移”
麦格雷戈从“玛丽?赛勒斯特”号的航行日志中得知，11月25日那天，他们的船离亚述尔群岛的圣玛丽亚岛只有9.5千米，小岛已经遥遥可见。她还从“戴 格雷西亚”号船员留下的资料中得知，他们是在10天之后，在离这个岛东面600余千米的地方发现“玛丽?赛勒斯特”号的。麦格雷戈决定对当时的情景进行分析。
麦格雷戈在国际综合海洋和大气数据系统里找到了一些有关资料，在这个数据库里保存着从1784年～2007年的全球海洋信息。“玛丽?赛勒斯特”号是否能够从11月25日航海日志上最后记载的地点漂流到12月5日“戴?格雷西亚”号的船员们发现它的地方呢?根据有关数据，麦格雷戈的结论是，有这种可能。
但是，他们为什么要弃船呢?
麦格雷戈说，在这一点上，检察官索利弗勒德当时的记录很关键。他曾写道，“玛丽，赛勒斯特”号一直顺利航行，直到最后5天才出现了异常情况，因此他转录了这艘船最后5天的航海日志。他们的结论是：“玛丽，赛勒斯特”号当时所在的位置实际上比布雷格斯所认为的还要向西约200千米，他的错误判断可能是船上航行表不准造成的。
茫茫海上消失的10个人
检察官的记录还提供了另一个麦格雷戈认为很重要的信息：在接近亚述尔群岛海域之前，布雷格斯船长改变了航道，向北往圣玛丽亚岛而去，也许是去寻找躲避海上坏天气的避风港。
在航海日志最后记载的头天晚上，“玛丽?赛勒斯特”号遇上了特大海上风暴，但是麦格雷戈推断，仅仅是汹涌的海浪以及航行表的失误还不足以让一个有着丰富航海经验的船长轻易弃船。麦格雷戈经进一步探查后发现，“玛丽?赛勒斯特”号前次航行运载的是煤，而船也在不久前经过了整修改装，船舱里到处都是煤屑和装修留下的残渣碎片。这些东西淤塞了船上的水泵，这也是人们在船上发现了一个被拆散的水泵的原因。水泵无法正常工作，布雷格斯无法确定船里到底进了多少海水，而船上装满了货物，他也无法通过目测来估计情况。
麦格雷戈最后说，在无法确定船里有多少积水，也无法确定船何时会沉没的情况下，船长下达了弃船逃生的命令。但是，他们最后都没能成功地游到陆地上。
那么我们再来看看相关的一些资料， 据美国海军部记载，在第二次世界大战期间的太平洋战役中，美国“印第安那堡利斯”号军舰被日本潜艇击沉。 当时美国海军部收到舰上有25名官兵乘救生艇逃离了军舰的求救信号。但美国海军部多次派出营救舰队和飞机去寻找，均一无所获，最后只好宣告他们已葬身海底。
然而，1991年7月的一天，一队菲律宾渔船在菲律宾群岛以南的西比斯海域上，竟然发现了这只救生艇。小艇上的25名船员虽然如惊弓之鸟、一片惶恐不安的样子，但他们仍然不失年轻力壮的风貌。 这一发现，使得美国当局感到万分惊愕。当然，更使他们感到大惑不解的是，“印第安那堡利斯”号军舰是1945年7月30日被击沉的，时隔46年后，他们的模样竟和被击沉时一模一样，连胡子和头发都没有一点变化。
这25名获救的人员一致认为他们在海上仅仅漂流了1天时间。46年如一日，怎么说？天文学家森梅西坚斯博士认为，他们有可能闯入了一个“时空隧道”，几十年后复出人间，却全然不知道已经过了那么久时间。 至于船只的失踪再现事件，较著名的一次出现在1935年。
那年8月间，“阿茨吉克”号商船在北纬37度57分、西经51度55分的海面上，发现一艘空无一人的美国弃船“拉达哈玛”号。 令“阿茨吉克”号船长和海员们惊异的是，当他们的轮船抵达英国后，从义大利“莱克斯克”号船长那里听说，8月份以前他们在大西洋中亲眼看到这条船沉入海底。 这是最近的一个鬼船，2007年的事。
澳大利亚三名船员2007年4月16日驾驶一游轮出游，但是18日发现此船时船员已经失踪，但是船上电脑打开着，餐桌上放着咖啡，面包好象在等待着船员来就餐...... 根据澳大利亚警方和天文学家分析当时海面发生陨石雨，并且带火而下，三名船员放下救生舟逃生，但是被更大陨石击中救生舟后遇难，但是卡兹2号船奇迹般保存完好。
澳大利亚警方星期三(2007年4月18日)发现了这艘名为“卡兹二号”(Kaz II)的游艇。“卡兹二号”长约12米，被发现时距离汤斯维尔港东部海岸约80海里。据悉，上周日(4月15日)，三名船员驾驶“卡兹二号”游艇从位于澳大利亚东海岸的昆士兰州启程前往西海岸。澳大利亚当地媒体报道说，三名船员分别是56岁的船长德里克-拜特恩，以及69岁的彼得-坦斯戴德与他63岁的弟弟詹姆士-坦斯戴德。
澳大利亚警方介绍说，救援人员星期六已经将搜救范围缩小，一架直升机取消了搜救任务，但另外两艘志愿参加搜救活动的救援船只仍在继续进行搜索任务。
“鬼船”星期六刚一抵达汤斯维尔港，警方专家就登船实施全面检查，对其全球定位导航装备展开研究，试图从中寻找蛛丝马迹揭开谜底。警方主管罗伊-华尔向澳大利亚广播公司介绍说，警方依然在竭力揭开这一“玛丽-赛勒斯特”式的谜团，但他同时表示，三名船员很有可能是遭遇恶劣的天气坠海的。警方人员在船上发现了三套救生衣和其它紧急逃生装备，游艇上的人“极有可能”是16－17日失踪的，船上没有救生筏，可能起航时就没有准备。
罗伊-华尔透露，从导航装备上收集到的数据显示，某种不明因素导致“卡兹二号”游艇偏离了既定航线。他表示，初步调查发现，“卡兹二号”上周日起先一直在既定航线上航行，然后它来到了一处风高浪急的海域。这意味着三名船员有可能是上周日某个时间从船上失踪的，因此救援人员已经将搜救范围缩小到游艇上周日当时所在海域。
是的，人没了，船回来了，而且完好无损的！你知道大海黑夜是什么样子么？你们坐过船么？深夜去过甲板么？看过深深的黑黑的深海么？
卡兹二号：
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