导 读 对于大多数常见疾病,GEO或TCGA等数据库有许多可用的原始数据,我们在寻找一个重要的mRNA/lncRNA/miRNA/circRNA进行研究,或者自己高通量测序找到一部分基因,需要扩大样品验证该基因差异的可靠性,我们可以借助于已有数据。之前我们推送过乳腺癌的数据分析“TCGA乳腺癌mRNA, lncRNA, miRNA数据挖掘”,肝癌的数据分析TCGA肝癌mRNA, lncRNA, miRNA数据挖掘,肺腺癌的数据分析“TCGA肺腺癌mRNA, lncRNA, miRNA数据挖掘”受到广大老师的喜爱,本文我们整理了TCGA胃癌的转录组数据,分析mRNA/lncRNA/miRNA的表达谱,以供老师研究参考。 秉承着解决老师一切数据分析问题的原则,我们整理了TCGA常见肿瘤,如肺腺癌、肺鳞癌、肝癌、乳腺癌、三阴性乳腺癌、胃癌、结直肠癌、膀胱癌、肾癌、鼻咽癌、头颈癌、皮肤癌等30种肿瘤的mRNA、lncRNA、miRNA表达谱,预后分析等。如有需要可在文末,添加技术微信领取。 介 绍 材料方法 TCGA胃癌数据: 1)临床资料 2)基因表达数据 3)miRNA表达数据 分析结果 1 mRNA癌与癌旁差异表达分析1)差异表达基因火山图图 对差异表达mRNA进行聚类,做热图(前200个差异mRNA)。 3)GO富集分析分子功能展示 4)KEGG pathway通路富集分析 5)pathway通路图标注 2 lncRNA癌与癌旁差异表达分析 1)差异lncRNA火山图 2)差异lncRNA聚类热图 3)差异表达lncRNA cis靶基因预测 4)差异表达 lncRNA 保守性分析 3 miRNA癌与癌旁差异表达分析 1)差异表达miRNA火山图 2)差异表达miRNA聚类热图 4 生存曲线分析 |
|