呼吸道健康，与菌群有哪些关联？

Nature子刊：菌群与呼吸道健康（综述）

① 健康肺部菌群中，微生物密度较低，以6个菌属（普氏菌、链球菌、韦荣球菌、梭杆菌、卟啉单胞菌、奈瑟氏菌）为主；

② 哮喘、囊性纤维化等多种呼吸道疾病中，肺部微生物移入和清除之间的平衡被打破，导致细菌密度增加、特定细菌过度生长；

③ 肠-肺轴影响呼吸道健康，其中，多种肠道菌群组分和产物可调节肺部免疫反应，一些肠道免疫细胞也可迁移至肺部；

④ 鼻内接种有益细菌，以及粪菌移植等肠道菌群干预方法，有望治疗呼吸道疾病。

The influence of the microbiome on respiratory health

2019-09-09, doi:10.1038/s41590-019-0451-9

Lancet子刊：慢性呼吸道疾病中的呼吸道菌群（综述）

① 慢性呼吸道疾病（CRD）患者的呼吸道菌群发生变化，但菌群调节疾病发展的机制尚未明确；

② 肺部菌群中的细菌、真菌及病毒等的关键配体（LPS、肽聚糖、CpG、古菌RNA、病毒蛋白等）及代谢产物（短链脂肪酸、芳香族氨基酸、一氧化氮等）对先天性及适应性免疫有重要调节作用；

③ 呼吸道菌群影响CRD疗法（抗生素、皮质类固醇等），也可被CRD疗法影响，呼吸道菌群或可作为CRD的治疗靶点；

④ 整合多组学分析技术有助于理解呼吸道菌群的功能效应。

【主编推荐语】The Lancet Respiratory Medicine上发表的一篇综述文章，详细介绍了慢性呼吸道疾病中，呼吸道菌群（包括病毒及真菌）的组成、与宿主免疫系统的互作机制、在疾病中发挥的功能效应，并讨论了呼吸道菌群如何与治疗方式互相影响，以及呼吸道菌群作为治疗靶点的可能。（@szx）

Functional effects of the microbiota in chronic respiratory disease

2019-04-08, doi:10.1016/S2213-2600(18)30510-1

Lancet子刊：肺结核与菌群（综述）

① 肺部和肠道的菌群在肺结核的疾病发生、治疗、临床结局和后遗症中可能有重要作用；

② 肺部的结核分支杆菌与肠道菌群之间存在双向免疫互作，例如，肠道的螺杆菌感染可影响肺结核感染和疾病进展，而肺部的结核分支杆菌感染也可改变肠道菌群；

③ 肺部厌氧菌产生的代谢物（如SCFA），可能影响肺部免疫应答、促进肺结核进展；

④ 肺结核的长期抗生素治疗，可对菌群造成不良影响；

⑤ 肠道共生非结核分枝杆菌的T细胞抗原表位缺失，可增加患者复发风险。

【主编推荐语】结核病仍是目前造成最多死亡的传染病，越来越多的研究显示，肺部和肠道菌群可影响肺部免疫应答，并在肺结核的各个阶段中有潜在作用。The Lancet Respiratory Medicine近期发表综述，汇总了相关领域的研究发现，并对未来的研究方向提出建议，认为需要将菌群研究纳入到结核病的临床研究中，包括测试新的疫苗或治疗方法，推荐专业人士关注。（@mildbreeze）

The microbiome and tuberculosis: state of the art, potential applications, and defining the clinical research agenda

2019-03-22, doi:10.1016/S2213-2600(18)30501-0

炎性气道疾病中肺部菌群（综述）

① 慢性阻塞性肺病、哮喘和囊性纤维化（CF）等炎性气道疾病中，肺部菌群与宿主的互作存在共性；

② 三类疾病轻症患者和健康人气道中，均存在普氏菌属和韦荣球菌属等口腔厌氧菌，与宿主炎症反应增加有关；

③ 与健康人相比，变形菌门成员在患者中增多，且与炎症水平和疾病更晚期阶段相关；

④ 生命早期的菌群干预或能调节哮喘和CF疾病进程；

⑤ 研究肺部菌群、菌群-宿主互作与疾病不同表型的关系，有助于找到鉴定疾病进展和风险分层的生物标志物。

【主编推荐语】慢性阻塞性肺病、哮喘和囊性纤维化是三种不同的肺部疾病，Chest近期发表一篇小综述，对这三种疾病中的肺部菌群及其与宿主互作的情况进行了汇总，并总结了其中的一些共性，值得专业人士关注。（@mildbreeze）

Past, Present, and Future Research on the Lung Microbiome in Inflammatory Airway Disease

2019-05-30, doi:10.1016/j.chest.2019.05.011

呼吸道菌群与流感易感性相关

① 纳入115名感染甲型（H3N2）或乙型流感病毒的受试者及其家庭成员436名，分析鼻/咽喉菌群与流感病毒感染的关联；② 在细菌群落水平，type4和type5分别与甲流（H3N2）及乙流病毒的低易感性相关；③ 链球菌属物种的丰度增加与甲流病毒（H3N2）及乙流病毒的易感性降低相关，而普氏菌属物种的丰度增加与乙流病毒的易感性增加相关；④ 儿童感染甲流及乙流病毒的风险更高；⑤ 家庭成员在5人以上，与更低的甲流及乙流病毒感染风险相关。

【主编推荐语】呼吸道菌群可能通过塑造宿主免疫而影响呼吸道感染的风险。Clinical Infectious Diseases上发表的一项最新研究发现，呼吸道菌群中的链球菌属及普氏菌属的丰度与甲型及乙型流感病毒的易感性显著相关，另外，年龄及家庭成员数量也影响了对流感病毒的易感性。（@szx）

Association between the respiratory microbiome and susceptibility to influenza virus infection

2019-09-28, doi:10.1093/cid/ciz968

肉芽肿性多血管炎患者的鼻菌群变化

① 纳入12名活动性肉芽肿性多血管炎（aGPA）患者，44名非活动性（inGPA）患者、13名疾病对照（3名显微镜下多血管炎、10名嗜酸细胞GPA）、4名家庭健康对照（aPGA患者的家庭成员）、11名健康对照；

② 相比于inGPA患者，aGPA患者的鼻菌群中检测到金黄色葡萄球菌的比例更高；

③ 相比于健康对照，aGPA患者的鼻菌群中金黄色葡萄球菌的丰度增加，而表皮葡萄球菌的丰度降低；

④ GPA患者鼻菌群的分支酸合成及维生素B12通路的相关基因丰度显著升高。

【主编推荐语】先前研究发现，肉芽肿性多血管炎患者的鼻菌群中金黄色葡萄球菌增加，且后者的定殖与疾病复发风险增加相关。来自Microbiome上发表的一项横断面研究，分析鉴定出了肉芽肿性多血管炎患者的鼻菌群组成及功能的变化，发现活动性肉芽肿性多血管炎患者的鼻菌群以金黄色葡萄球菌增加及表皮葡萄球菌减少为特征。（@szx）

The composition and functional protein subsystems of the human nasal microbiome in granulomatosis with polyangiitis: a pilot study

2019-10-22, doi:10.1186/s40168-019-0753-z

Nature子刊：早期的呼吸道菌群或能预测儿童哮喘风险

① 纳入丹麦前瞻性队列COPSAC2010队列中700名儿童，分析出生后前3个月的呼吸道菌群与之后哮喘患病的关联；

② 1月龄时的呼吸道菌群多样性、韦荣球菌属和普氏菌属的相对丰度，以及基于7个菌属构建模型计算的细菌哮喘分数，与6岁时罹患哮喘相关；

③ 这些细菌的较高丰度与呼吸道免疫系统中TNF-α和IL-1β水平降低、CCL2和CCL17水平升高相关，这些免疫因子的变化也是哮喘的独立风险因素；

④ 婴儿早期的菌群-免疫互作可影响儿童哮喘易感性。

【主编推荐语】哮喘可能源于生命早期的免疫发育异常，与这一时期的环境因素对呼吸道菌群的影响有关。Nature Communications近期发表一项来自丹麦的前瞻性队列研究，分析了700名儿童生命早期的呼吸道菌群组成，鉴定出特征菌属并构建模型，可预测6岁时的哮喘风险，并揭示了菌群特征与呼吸道免疫之间的关系，为生命早期的菌群-免疫互作对哮喘风险的影响提供了进一步的证据。（@mildbreeze）

Infant airway microbiota and topical immune perturbations in the origins of childhood asthma

2019-11-01, doi:10.1038/s41467-019-12989-7

HIV感染者的口腔菌群与肺功能相关

① 纳入75名HIV感染者及93名对照，分析唾液及粪便菌群，并进行肺功能检测；

② 口腔菌群多样性及组成受HIV感染及吸烟影响；

③ 相比于肺功能正常的HIV感染者，肺功能异常的HIV感染者的口腔菌群中，韦荣球菌属、链球菌属及乳杆菌属的相对丰度增加；

④ 对照的口腔菌群与肺功能无显著关联；

⑤ HIV感染及肺功能均与肠道菌群无显著关联；

⑥ HIV感染者血浆中的TNF-α、内皮素-1及MIP-1β与肺功能负相关，三者与韦荣球菌属、链球菌属及乳杆菌属的丰度正相关。

【主编推荐语】HIV相关的慢性阻塞性肺病的发病机制尚未明确。American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine上发表的一项队列研究结果，发现在HIV感染者中，肺功能与口腔菌群组成及多样性相关，而在未感染HIV的对照组中则无此关联。（@szx）