功能基因组学的研究包括基因功能的发现，基因表达分析及突变检测。当我们研究一个基因时，我们首先要搞清楚这个基因及蛋白的结构。当我们的文章或组会PPT上，出现如下图的Figure时，是不是觉得很高大上呢？这也无疑会为我们的文章或PPT锦上添花。今天就教大家如何快速绘制出蛋白和基因结构图。
首先，我们来重现AMBRA1这个蛋白的结构。今天要用到的工具是Illustrator for Biological Sequences(IBS)，这是一款免费的软件，是由中山大学任间教授实验室研发的。下载地址http://ibs./download.php（如下图）。
可以发现该软件支持导出矢量图以便文章发表。该软件的安装非常简单，安装完成打开后,界面如下：
有Protein Mode和Nucleotide Mode两种模式，既可以绘制蛋白结构模式图，也可以绘制基因结构模式图，由于今天我们示教蛋白结构模式图的绘制，因此选择Protein Mode. 最下面的菜单栏中Demo选项是本软件自带的一些蛋白结构模式图，我们可以点进去欣赏一下别人的美图，从而得到一些灵感。点击Enter,进入软件的主界面：
界面非常简单，大家可以点一下都看看有哪些功能，点击最上面菜单栏里的Edit→Add Protein或者最下面的操控界面中的Protein，出现如下界面：
通过查询uniprot数据库，我们得知AMBRA1有1298个氨基酸，因此，在End选项框中输入1298，Border我们选择橙色，得到如下图（里面的其他参数，如颜色，边框线条粗细，虚实等都可以调整）：
随后点击Domain,设置参数，NAME那里填写WD40, Style中的colour选择橙色，Border也选择橙色，如下图：
但我们发现这个结构域离N端太近，和示意图不太一样，没关系，可以用鼠标进行拖动，调整到合适位置，得到如下图：
后面的结构域设置与上述方法相同，设置好后会得到如下的效果图：
接下来在Pro-rich和Ser-rich结构域之间有一条虚线是怎么画的呢？点击工具栏中的直线（红色圆圈圈出来的图标）
设置Stroke的颜色为橙色，并勾选Dash，如下图：
接着来添加它的一些特殊位点，点击上方菜单栏的六边形，对其参数进行设置，如下图：
后面的几个修饰位点可以通过复制U的图形，对其颜色进行修改即可，得到下图：
然后在其下面添加几个与AMBRA1结构域相互作用的蛋白，依旧点击上方菜单栏的六边形，选择第二个正方形，并设置颜色，命名，得到如下图：
如果觉得图形大小不合适，可以按住shift键，用鼠标拖拉进行微调，其他的几个蛋白也通过相同的办法得到,如下图：
最后通过点击最底部的Note,相当于添加文本框，点击Note后，进行参数设置，如下图：
利用相同的方法，对其他结构进行注释，最终得到如下示意图：
最后，我们可以通过File → Export Image,导出绘制好的图像，它有几种格式，可以根据需要自行选择。那么基因结构图该如何绘制呢？其实与蛋白结构图的绘制一样。下面以下图的基因结构为例进行讲解：
- 选择Nucleotide，在End处输入你核苷酸的碱基数；
- 选择Domain → Style → Shape里面选择长方形；并选择Shape color，点击黄色；
- 鼠标将其拖动到合适的位置，根据需要对其大小及长度进行拉伸，得到LB结构域；
- 依旧与步骤3，4相同，选择箭头，可分别得到htp II及35S；
- 选择最上方工具栏的菱形图标，选择Style → Shape里面的三角形，用鼠标左键选中并对其进行旋转操作，再点击工具栏的直线图标，进行移动的旋转即可得到MCS结构域；
- 与步骤3，4相同，选择箭头，即可得到箭头方向朝左的5个结构域；接着利用相同的操作可得到NOS polyA和RB结构域；
- 最后利用与蛋白结构图导出相同的方法即可将基因结构导出。
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