在蒙古宫廷斗争中，传说窝阔台更是严酷、刻毒。 因为四弟拖雷一直是窝阔台稳固汗位的隐患，他掌有蒙古军队的百分之八十，具有坚实的军事实力，在攻金的战役中，拖雷更表现出他卓越的军事才能，这不能不引起窝阔台的忌恨。 因此在消灭金国后班师北还的途中，窝阔台就装神弄鬼，假装病得奄奄一息，让拖雷在他身边侍奉。 萨满巫师念着咒文，将窝阔台的疾病涤除在一只木杯中。 托雷出于对兄长非常爱戴，拿起杯子喝下这杯涤除疾病的水。 托雷所饮的咒水其实已经被窝阔台投放了毒药。 于是窝阔台就病愈了，而几天后托雷就死去了。 窝阔台借助于这样的迷信仪式除去了他最大的政敌。
1240年冬，身染重病的窝阔台下诏命贵由等班师返回蒙古本土。1241年12月11日，窝阔台去世。窝阔台一生有个最喜欢的人和一个最不喜欢的人。窝阔台他最喜欢的人，是他的六皇后脱列哥那，脱列哥那就是昭慈皇后乃马真氏，史称乃马真后。窝阔台在位期间，几乎所有的政事都要和乃马真氏商量。在晚年的时候，他甚至干脆把政事完全交给乃马真氏，自己专心一意喝酒嬉乐。他最不喜欢的人，就是他与乃马真氏生的长子贵由。所以，他把王储之位给了他第三个儿子阔出（阔出的母亲在历史上没有记载），而不是长子贵由。在西征的时候，他把统帅之位给术赤的儿子拔都，副统帅之位给了老将军速不台，就是不给贵由；当阔出在南宋战场上战死后，他又说要把汗位给阔出的儿子、他的孙子失烈门（那时候失烈门还是个小孩子），就是不给贵由。一般都是“母以子贵”，或者“子以母贵”。像窝阔台这种，最喜欢母亲，却最不喜欢儿子的，在历史上是绝无仅有的。
窝阔台为什么不喜欢贵由？史料上并没有记载。根据史料进行分析，大约有三个原因：一是贵由长得比较瘦弱，不大像个强悍的蒙古男人。二是贵由有拘挛病。“拘挛”就是肌肉不由自主地收缩，关节经常不能自由活动。三是贵由有些意气用事，不够大气。
窝阔台突然病死于行猎之中，还没来得及立诏。所以，当贵由还在西征途中的时候，乃马真皇后便召相国耶律楚材商议立汗之事。乃马真皇后欲立自己的儿子贵由为汗，但由于未有大汗遗嘱，故将相国找来商议。乃马真皇后对耶律楚材道：“先帝在时，曾意让皇孙失烈门为嗣，然皇孙年幼，长子贵由，又西征未归，你看现在如何是好？”楚材道：“先帝既有意向，就应立即让皇太孙即汗位。”乃马真皇后听后心中不悦，沉默不语，正在这时，乃马真心腹奥都剌合蛮进言道：“皇孙年幼，长子未归，何不请皇后称制？”楚材忙道：“这事还要慎重考虑。”乃马真皇后笑道：“暂时称制，谅也无妨。”楚材欲再进言，但见奥都剌合蛮对其怒目而视，也就不再言语。
乃马真皇后称制，实际上是一个缓兵之计，耶律楚材因不满乃马真皇后之举，遂称病不朝。在此期间，东道诸王之一的铁木哥斡赤斤也领兵赶到和林，欲夺汗位，但此时贵由已到达叶密立（今新疆额敏县）并直赴和林，使斡赤斤未能得逞。乃马真皇后称制后，为了给儿子创造继承汗位的条件，不仅大肆赏赐诸王、大臣，还赐予他们各项特权，以此来获取他们的拥护。与此同时，乃马真皇后还加紧清洗窝阔台时期的重臣，并换上一批虽然不学无术，但却无比忠诚于自己的亲信。而脱列哥那的贴身女仆法提玛、佞臣奥都剌合蛮则得到重用。法提玛本是波斯徒思人，是西域的女俘，被俘虏到哈剌和林后经常接近乃马真后的斡耳朵（蒙古包即宫殿）。因此当乃马真后称制后她也权倾朝野，包括封疆大臣所办的军国大事都要通过法提玛做中介，她曾与乃马真皇后合谋逮捕中书右丞相镇海和燕京行台断事官牙老瓦赤，造成老瓦赤等重臣人纷纷逃亡，大商人奥都剌合蛮却被派往中原，接替牙老瓦赤的职务。因屡弹劾皇后宠信之奥都剌合蛮，耶律楚才渐被排挤。（1244年）五月十四日（6月20日），耶律楚材悲愤而死，享年五十五岁。耶律楚材死后，乃马真后遵照其遗愿，将他的遗体运回燕京故里，安葬在耶律楚材生前非常眷恋的玉泉山下的瓮山泊（今昆明湖）之滨，与先于他去世的夫人合葬。
正由于以上种种措施，在乃马真皇后（脱列哥那）执政的5年时间里，蒙古帝国的局势真可以用“糟糕透顶”四个字来形容。对诸王滥行赏赐、赐予特权的举动，不仅造成帝国上下号令不一、各自为政的乱象，而且使得国库支出浩大，很快便陷入入不敷出的局面。
此时，蒙古境内又遭遇多年难见大旱灾，以至于出现“河水尽涸，野草自焚，牛马十死八九”的惨景。然而面对灾情，乃马真皇后非但没有进行赈灾，反而授意奥都剌合蛮肆意搜刮民间财产，意在解决财政危机。乃马真皇后的举动令国内怨声四起，反抗运动此起彼伏，让蒙古朝廷疲于应命。毫不夸张地讲，若乃马真皇后再多执政几年，蒙古帝国必然会走向崩亡。
按照成吉思汗生前规定，大汗的继承人必须经过忽里勒台，也就是蒙古诸王大会，多用于推举大汗、决定征战等大事。自认为时机成熟的乃马真皇后，决定于1246年8月26日举行大会，要求诸王拥戴贵由为大汗。在诸王当中，术赤系诸王首领拔都威望最高，但因为他跟贵由关系不和，便以患病为由婉拒出席。而其他诸王则因屡受乃马真皇后的笼络，自然乐意推举贵由为大汗。就这样，在淳祐六年(1246年)8月，贵由被推举为大汗。
