【原】metascape: 最强大的基因富集分析在线工具

metascape是一个web工具，提供了基因富集分析，蛋白质互作网络分析等多种功能，对应的文章发表在nature communications上， 链接如下

https://www./articles/s41467-019-09234-6

网址如下

http:///gp/index.html#/main/step1

该网站集成了40多个基因功能注释数据库，并且提供了多样化的可视化方式，对于生物学家而言，通过该网站可以轻松的对基因功能进行探索和分析，目前已有451篇文章引用了该工具，其可视化方式如下所示

1. circos plot

2. Enrichment Bar Graph

3. Enrichment Heatmap

4. Enrichment Network

5. Protein Complex Network

6. Membership Pie Chart

集成的功能注释数据库如下所示

如上图所示，利用这些功能注释的数据库，主要进行以下几种分析

1. ID  Conversion

2. Gene Annotation

3. Enrichment Analysis

4. Interaction Network Analysis

对于单个基因列表，默认进行富集分析和PP分析，如下所示，输入基因列表，选定物种, 然后点击Express Analysis即可

结果包含以下两种

1. 富集分析的柱状图

默认使用GO, KEGG, Reactome, CORUM等多个数据库进行富集分析，结果如下所示

用柱状图的形式展示top15个显著富集的terms, 示意如下

用网络图的形式展示富集到的terms之间的关系，示意如下

2. PPI分析

提供了蛋白质相互作用网络图，并采用MCODE算法对PPI网络进行聚类，识别其中的subnetwork,即潜在的蛋白复合体，结果示意如下

如果同时输入多个基因，还额外提供下两种可视化方式，第一种是多个富集结果的展示，用热图的形式进行展示，示意如下

第二种是输入的多个基因集之间的overlap分析，结果用circos图来展示，两个区域之间的lnks连线代表了对应的overlap，结果示意如下

metascape集成的数据库最多，而且更新的也非常及时。通过自定义分析，可以实现多个数据库的功能分析。该数据库目前支持人，小鼠，大鼠等10个物种的基因分析，是一个非常强大的基因功能分析工具。

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