很多初学者都不知道生物信息学怎么玩？其实生信自始至终都只在干两件事情，一是寻找差异，二是降维。前者的意思是，生物学意义都隐藏在差异之中，最简单的比如肿瘤组织和肿瘤旁组织的差异，高表达某分子的组织和低表达某分子的组织。进一步分析这些差异的基因、蛋白....但由于数据量大，你又无法全面的了解全景到底是各自发生了什么。
这时候就需要降维，广义的降维就是让看似无章的数据变得清晰！基因通路富集分析就是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。常见的就是GO功能注释和KEGG通路富集分析。通过基因通路富集分析，我们可以初步分析基因可能参与的生物学过程或者信号通路。
1.David
David是一个生物信息数据库，整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因和蛋白列表提供系统综合生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。David网址https://david./
基因通路富集步骤：
第一步：打开网址，点击Functional Annotation
第二步：输入基因集合，选择输入的类型
第三步：选择物种，查看结果
2.String
研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因，目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库，而string绝对是其中覆盖的物种最多，相互作用信息做大的一个，网址如下：https:///
基因通路富集步骤：
第一步：打开网站，输入基因集列表和选择物种
第二步：选择数据库里面对应基因名称
第三步：结果下载包括Go和KEGG通路
3.Kobas
Kobas是北京大学开发的用于注释和鉴定富集途径和疾病的数据库。KOBAS（基于KEGG Orthology Based AnnotationSystem）是用于基因/蛋白质功能注释（注释模块）和功能集富集（Enrichment module）的Web服务器，给定一组基因或蛋白质，它可以确定通路，疾病和基因本体论（GO）术语是否显示统计学显着性。网址：http://kobas.cbi.pku.edu.cn/index.php
基因通路富集步骤：
第一步：打开网址，选择Gene－list Enrichment
第二步：选择输入类型，物种，输入基因列表，选择数据库
第三步：结果
4.Metascape
它是一个提供基因注释和分析资源的门户网站，帮助生物学家理解一个或多个基因列表。Metascape提供自动化元分析工具，以了解一组正交目标发现研究中的常见和独特途径。 它还支持基于BioGrid的蛋白质 - 蛋白质相互作用（PPI）分析，基因本体论（GO）网络的交互式可视化和富集热图生成。网址：http:///gp/index.html#/main/step1
基因通路富集步骤:
第一步 ： 打开网址，输入基因或导入文件
第二步：下载结果
5.R
clusterProfiler是Bioconductor的软件包，可以对基因集合或基因cluster进行功能聚类的统计分析和可视化。
总结
这些基因通路富集方法，各有各的优点，缺点，而且他们的难以程度也不同，但总有一款是适合你的分析方法，这里就对这些方法进行了总结，供大家参考。
本文由猪师兄整理自博越致和，有删减
