软件的官网如下 https://www./
下载和安装这款软件是java语言开发i的GUI 图形界面工具,官网提供了两种下载方式:
选择 Binary Installation 进行下载,由于该软件用java 程序开发,必须保证在电脑上安装了java 运行环境 (JRE), 下载之后解压缩,然后双击 pathvisio.bat 文件 就可以启动该软件。 初始界面如下: 编辑通路图我们从wikipathway 下载的gpml 通路文件,可以直接导入这个软件中。以 WP554 这个通路为例 https://www./index.php/Pathway:WP554
从上面的链接下载该通路的gpml 文件,然后依次点击 File -> Import , 导入该文件,导入成功后,就可以看到通路图了。图中的每个元素,都是可以编辑的。 对于元素之间的连线,鼠标单击可以拖动;对于方框中的元素,单击选中之后,可以改变其大小,并移动其位置,双击会弹出编辑框,编辑节点上标注的label 信息。 不仅可以编辑原有的元素,还可以通过如下所示的工具栏中的选项,插入新的元素,具体的用法就不展开了。 对于编辑好的通路图,可以选择 File -> Export 进行导出,可以导出为图片,支持PDF, PNG,SVG, TIFF 4 种格式,也可以另存为gpml 等文件格式。 检索基因相关的通路信息在右侧的面板上,有个Search 功能,可以查询基因对应的通路信息 首先需要一个用于检索的数据库,就是一个文件夹,这个文件夹下是所有pathway的gpml文件,可以从wikipathway 的官网得到。然后输入需要检索的基因名称,提供了Symbol 和 ID 两种格式。通过 Search 功能,可以方便的查询基因相关的通路信息。 这个软件还可以安装插件,使其功能更加强大。 总结PathwayVisio 是一款针对wiki pathway通路的可视化工具。通过这个软件,我们不仅可以从gpml 文件得到对应的通路图,还可以对通路图进行编辑和修改;
通过Search 功能,可以方便的查询基因相关的通路信息; 这个软件还有很多插件,将功能扩展的更加强大,值得我们去探索;
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