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在昨天介绍的KEGG数据库当中，我们可以看到，对于基因通路的可视化，最简单的就是通过类似流程图一样的形式来进行可视化的。例如下面的自噬通路图。👇的只是对通路进行简单的可视化，但是有时候我们有更多的DIY的想法。这个时候就需要就需要用到其他的工具了。 对于通路可视化的工具还是很多的，今天就来介绍两个基于现有数据库的可视化。 1. KEGG Mapper-Color Pathway昨天介绍的KEGG数据库，我们知道这个数据库可以查询多物种的通路。对于通路数据的DIY同时也可以可以利用这个数据库的。这个就是KEGG里面的Color Pathway(https://www./kegg/tool/map_pathway3.html)。 对于数据的输入，有两个选择，一种是我们想要标注某一通路当中具体的基因。另外一种是基于某一个连续性变化的数据，来通过颜色的变化动态的反映的通路图上。 对于数据的输入需要注意的是，首先的输入是以分隔符来进行分割的，同时也是可以通过excel直接粘贴复制过来的。另外数据的第一行需要是以#开头的标题行。 1. 标注通路当中的基因这类的可视化，我们需要输入的数据为两列。基因的ENTREZ ID，另外一列则是基因想要标注的颜色。 在输入好之后，点击运行即可获得👇的通路图 1.2 可视化连续性的数值有时候我们需要可视化通路当中的基因基于某一个数值变化的情况。这个数值可以是差异分析的logFC,也可以是相关系数等等的。这个时候我们需要输入的也是两列，一列是基因的ENTREZ ID以及具体的数值。同时需要制定的时候，颜色变化的范围，这里可以选择两个颜色变化以及三种颜色变化。同时可以点击check查看颜色的变化情况。 最后我们就可以得到基于这类数据可视化的通路图 以上就是这个数据库，标注通路的具体过程。对于图片的保存，只能是通过右键-另存为来进行保存。这类保存的缺点就是，图片不是矢量图，有时候会很模糊。 2. pathview上面介绍的是KEGG数据库的另外一个自定义可视化的功能。所以以上的工具其实只是针对KEGG数据库而言的。我们知道，对于通路数据库还是还有很多的，如果对其他的数据库进行可视化怎么办。这个时候就可以使用pathview这个工具了。这个数据库有一个在线的web版本的，我们可以直接访问:https://pathview./ PS：这个数据库使用之前需要简单的注册一下账号。到时候注册一下即可。 我们在注册账号之后，界面是这样的，我们需要做的，就是上传数据，选择想要可视化的数据库，自定义可视化颜色即可。 对于原始数据的上传而言，和KEGG的连续性数据一样，我们可以输入基因名+基因的变化情况的两列数据。 另外对于通路的可视化，如果我们有想要可视化的通路，选择想要可视化的即可。如果没有想要看可以可视化哪些通路，我们选择Auto即可。 经过上面的输入。我们点击submit。这样我们就对通路进行了可视化。 写在后面以上就是两个对现有通路进行自定义标注的数据库。这两个的数据库有一个不好的地方，就是对于图片的生成。都是png格式的。这样的话，就有时候分辨率很不清楚。另外上面的通路数据库都是基于现有通路的可视化的，我们得到的结果也是某一个通路当中所有的基因。其中有一些基因是我们不需要的，但是也在结果里面包括了。这样可能会造成图片信息的混乱。这个时候，我们就需要自己来画通路数据库了。所以，明天我们就来介绍一个来自己画通路的工具。 |
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