在KEGG富集分析后,找到某些感兴趣的基因和通路后,常常需要表示下,于是有些小伙伴的图是这样的: 或者这样的 果然,你的文章或者标书可能就是因为这样lowbee的图悲剧的。然鹅,白介素2同学的图却可以是 这样的: 或者这样的, 看到这,你可能会想,这么高级的图必然又要整什么高大上的R语言,商业软件了吧??? 还真不是,下面白介素2同学手把手演示如何通过点点点的方式来追上那些女神般的Pathway。 神器网站https://pathview./ 首先准备肯定你要有感兴趣的通路和基因,第一列基因(各种Id,symbol都可),后面几列相对表达值)准备成如下格式: 接下来,上传,然后submit一下 贴心的提供了进度条: 然后就可以收兵啦,检阅下胜利的果实。 上面展示的是这几条,也可自行设置自己感兴趣的通路查看。咱就随便欣赏几个吧 有没有被美哭(hhh): 当我们还在用那些lowbee的图片时,其实早已经有小伙伴们一直在努力,开发出友好的可视化工具,方便大家使用,只是我们早已被知识蒙蔽了双眼(小伙伴们的双眼被知识蒙蔽了,上帝说那就让白介素2同学去吧)。
其实这本身是2013年作者开发的一个R包Pathview(神器网站https://pathview./),在2017年又开发出友好的在线工具界面,文章内容发表在Nucleic Acids Res上。 其实除白介素2同学演示的图形外,该工具还支持更多其它的综合性的展示,下面这幅包含一些药物靶点等等, 其实这本身是2013年作者开发的一个R包Pathview,在2017年又开发出友好的在线工具界面,文章内容发表在Nucleic Acids Res上。 其实除白介素2同学演示的图形外,该工具还支持更多其它的综合性的展示,下面这幅包含一些药物靶点等等, 预知更多细节,请自行继续探索。 神器网站https://pathview./ 参考文献:
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