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kegg orthology 数据库是 kegg 的核心，利用基因在不同物种之间的保守性，使得我们可以在更高层次上解读基因功能。 pathway, brite, module 等数据库都是建立在KO 数据库的基础之上的，所以任何基因组的数据都可以映射到这些数据库中去。当然这种方法有其局限性，在一定程度上忽略了特定物种内基因的变异信息。 network 数据库针对human ，除了提供了基因的功能和相互作用以外，还把基因的变异信息包含进来，更进一步与疾病相关联。 上面是kegg 官网提供的示意图，KO 建立在不同物种的gene具有同源性的基础上，而pathway 利用KO注释信息，提供了跨物种的通路信息，而network 数据库从pathway数据库延伸而来，在pathway 的基础上，将基因的变异信息（包括SNP, 基因融合等结构变异现象和基因表达量的变化现象）也包括了进来，对于人类基因相关变异与疾病的研究，提供了更为细致的参考信息。 network 数据库中的每条记录叫做network element, 以N Number 唯一标识， 里面记录的是基因之间的相互作用的网络，由于network 来源于pathway 数据库，所以每条记录都会有对应的pathway信息，在这些通路图中，会将基因进行特殊标记，比如下图为 在上图中，粉色标记的方框为network 中记录的基因，而粉色方框中用红色显示的则是发生变异的基因； 对于 Defiinition 字段记录了基因间相互作用信息，其中的ABL基因发生了变异，产生了BCR-ABL 融合基因，导致出现了疾病。结合上面的通路图来一起理解，可以看到BCR-ABL 在通路图中是粉色方框，红色字体的标记方式，其他有记录的基因则是只有粉色方框的标记； 在network 中，将所有的记录分成3大类
在下面的链接中，可以看到
第一列为对应的network 数据库中的记录；第二列各种颜色的小方块代表该network相关的疾病，不同疾病用不同的颜色标识；其他列为该network中记录的基因间相互作用，其中绿色代表的就是reference, 红色代表的是variant, 粉色代表的是virus。 我们可以看到reference network都没有相关的疾病信息，只有variant和virus 可以看到相关的疾病信息。 红色的链接可以关联到variant的详细信息，比如 总结
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