lncRNASNP数据库收集整理了人和小鼠中位于lncRNA基因上的SNP位点信息,通过以下两种思路将lncRNA与SNP结合起来
除此之外,还提供了lncRNA,SNP在TCGA数据库中的相关信息,比如lncRNA在各种肿瘤中的表达谱,SNP位点在各种疾病中的突变情况。该数据库的网址如下
对于一个lncRNA, 包含了以下几种信息 1. 基本信息2. 位于lncRNA上的SNP位点包含以下3种来源的SNP位点
以 3. lncRNA相关疾病包含 4. lncRNA与miRNA结合位点信息采用软件预测lncRNA与miRNA结合区域信息,一个lncRNA会存在多个miRNA结合位点,示意如下 点击每个miRNA,可以看到软件预测的详细结果 采用了 4. SNP位点对lncRNA-miRNA结合的影响包括以下两种影响
5. lncRNA在TCGA数据库中的表达谱采用柱状图的形式展示在不同肿瘤中的表达谱数据,示意如下 官网还提供了在线工具,可以分析突变位点对于lncRNA-miRNA结合的影响以及SNP对于lncRNA二级结构的影响,如下所述 1. 突变位点对lncRNA-miRNA结合的影响只需要输入lncRNA的野生型序列和突变型序列,采用上述的3种软件预测miRNA与两种序列的结合位点,从而分析突变对于lncRNA-miRNA结合的影响,示意如下 2. SNP对于lncRNA二级结构的影响采用 官网还提供了很多的功能,具体用法请移步官网自行探究。 ·end· |
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