【原】RADAR:RNA编辑位点的数据库

RNA编辑作为一种重要的转录后调控机制，是转录组研究中的热点。在不同类型的RNA编辑中，A->I的RNA编辑是最常见的，有许多的软件可以用于识别这种类型的RNA编辑。

RADAR数据库收集整理了human, mouse, fly等多个物种的RNA编辑位点的证据，并进行了手工注释，提供了基于web页面的查询方式，网址如下

http:///

通过官网的查询功能，可以方便的进行检索，示意图如下

选择对应的物种，然后提供了多种检索条件，可以按照染色体位置查询，也可以直接查询某个基因相关RNA编辑位点。

在该数据库中，对于RNA编辑位点所在的位置，提供了以下两种注释。

第一种是基因组特征区域，比如5’UTR, 3’UTR等,第二种是重复元件的注释，大量研究发现RNA编辑位点在Alu重复序列中广泛存在，而RADAR根据RNA编辑位点所在重复区域的特征，划分成了Alu重复序列，非Alu重复序列，非重复序列3个特征区域。

同时也提供了RNA编辑位点在物种间的保守性，比如查询human和mouse两个物种间保守的RNA编辑位点。

以human AHR基因为例，查询结果示意如下

点击Position对应的链接，可以跳转到UCSC基因组浏览器，具体的查看某个RNA编辑位点，Reference给出了对应的文献，而Editing levels则给出了不同组织中RNA编辑位点的表达量，示意如下

有助于研究RNA编辑位点的组织特异性。该数据库提供了下载功能，示意如下

可以直接下载不同物种的RNA编辑位点数据，对于human,还可以单独下载某种重复序列区域的RNA编辑位点。

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