基因结构绘制 1.Exon-Intron Graphic Maker 工具链接: http://www./exonintron RNA二级结构 2.Mfold 工具链接: http://unafold.rna./?q=mfold 3.RNAfold 工具链接: http://rna.tbi./cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi 蛋白互作网络 4.String 工具链接: https:/// 基因共表达网络 5.Coexpedia: 工具链接: http://www.coexpedia.org/ 序列Motif 6.MEME 工具链接: http:/// 7.Weblogo 工具链接: http://weblogo./ 基因信息查找 8.Genecard 工具链接: http://www. 序列展示 9.ESPript: 工具链接: http://espript./ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi Gene ID转化 10.BioMart 工具链接: http://www./index.html 11.g:profiler 工具链接: https://biit.cs./gprofiler/convert 12.UniPort Retrieve/ID mapping 工具链接: https://www./uploadlists/ 13.bioDBnet 工具链接: https://biodbnet-abcc./ 韦恩图 14.Venny2.0 工具链接: http://bioinfogp.cnb./tools/venny/index.html 15.OmicShare 韦恩图工具 工具链接: http://www./tools/Home/Soft/venn 三元图 16.Ternary plot maker 工具链接: https://www./ 基因结构分析 17.FGENES 工具链接: http:/// 范例结果: 系统发育分析 18.iTOL 工具链接: https://itol./ 19.Evolview 工具链接: http://www./evolview/ 启动子预测 20.Promoter Scan 工具链接: http://www.cbs./services/Promoter/ 蛋白一级结构预测 21.PredictProte 工具链接: https://www./home 22.ProtParam tool 工具链接: http://web./protparam/ 信号肽预测 23.SignalP 工具链接: http://www.cbs./services/SignalP/ 跨膜结构域 24.TMHMM Server v. 2.0 工具链接: http://www.cbs./services/TMHMM/ 亚细胞定位 25.PSORT 工具链接: https://www./ 蛋白三级结构预测 26.SWISS-MODEL 工具链接: https://swissmodel./ 27.Phyre2 工具链接: http://www.sbg.bio./phyre2/html/page.cgi?id=index 短序列拼接 28.Cap3 工具链接: http://doua./software/cap3 GO富集分析 29.OmicShare GO富集分析工具 工具链接: http://www./tools/home/report/goenrich.html KEGG富集分析 30.OmicShare KEGG富集分析工具 工具链接: http://www./tools/home/report/koenrich.html 趋势分析 31.OmicShare 趋势分析工具 工具链接: http://www./tools/Home/Soft/trend 蛋白结构域预测 32.Pfam 工具链接: http://pfam./search 33.SMART 工具链接: http://smart./ 基因组杂合性评估 34.GenomeScope 工具链接: http://qb./genomescope/analysis.php?code=example2 圈图 35.CIRCOS 工具链接: http://mkweb./tableviewer/visualize/ 36.热图 Omicshare 热图工具 工具链接: http://www./tools/Home/Soft/heatmap 注释工具 37.Omicshare 注释工具 工具链接: https://www./tools/Home/Soft/getsoft/type/annotation 细胞标记 38.CellMarker 工具链接: http://biocc./CellMarker/index.jsp circRNA数据库 circRNA 39. circBase 工具链接: http://www./ 40. CIRCpedia 工具链接: http://www./rnomics/circpedia/ small RNA 41. deepBase 工具链接: http://rna./deepBase/ 42. sRNAanno 工具链接: www.plantsRNAs.org lncRNA 43. TANRIC 工具链接: http://bioinformatics./main/TANRIC:Overview 44. NONCODE 工具链接: http://www./ ceRNA 45. starBase 工具链接: http://rna./deepBase/ 46. miRSponge 工具链接: http://bio-bigdata./miRSponge/ 序列翻译 47. ExPASy Translate tool 工具链接: https://web./translate/ 48. ORFfinder 工具链接: https://www.ncbi.nlm./orffinder/ ---------- END ----------
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