疫情攻关，数据更深度解读，“2019-nCoV基因组数据分析综合平台”第三期升级上线

——“2019-nCoV基因组数据分析综合平台”http://ncovdb./home，致力于打造成一个数据最全面、分析功能最强大的病毒综合性数据分析平台

疫情面前，百迈客人继续在行动，

为抗击疫情不断贡献着我们的力量……

v 1月23日，成立疫情防控专项支持工作组，由总裁直接带队，携三代测序及生物云平台为一线医疗、科研人员提供免费病毒基因组测序服务，免费提供建库试剂；

v 1月27日，研发团队加班加点开发，于当日20:00时成功上线第一版“新型冠状病毒(2019-nCoV)基因组数据分析综合平台”，并向社会免费开放数据查询、下载、分析服务，助力疫情防控专家对比、寻找毒株间各种突变信息，为病毒致病机理的研究、疫苗的开发等提供技术支持，且以收到来自多家科研单位及专家学者的肯定；

v 2月2日，作为全球领先的三代测序技术服务提供商，百迈客正式加入基因行业“抗疫灭毒联合行动”；

v 2月3日，研发团队依据各专家、学者的需求，对平台进行升级，并于当日20:00时成功上线第二版，继续用我们的努力帮助一线科学家尽快研究明白病毒的分子特点，加速疫情防控；

2020年2月10日，经过百迈客研发团队的不断努力，第三版“新型冠状病毒(2019-nCoV)基因组数据分析综合平台”于20:00时正式上线，继续向社会免费开放，将助力疫情防控专家对2019-nCoV基因组数据进行更大范围的基因比对，以及进行更加深入的数据分析、解读，为病毒追根溯源、寻找中间宿主、寻找毒株间各种突变信息，最终为病毒致病机理的研究、疫苗的开发等提供技术支持······

更加丰富、强大的病毒数据库（ncovdb）

第三期病毒数据库中新增24个病毒基因组数据，截止目前，部署的病毒毒株总数达到了61个，具体包括：

表1.平台数据库功能介绍

本数据库将无偿为您提供快速、便捷的病毒基因组数据查询、下载服务；您可以通过Browse的Gene Search模块根据特定基因ID、或者特定基因组位置完成特定毒株中基因序列及基因结构的检索。

进一步强化了“平台”的综合分析功能

为了便于客户更好、更便捷的直接使用平台上的病毒基因组数据进行分析及深度解读，平台总共部署了8款序列比对或序列比较工具，以及1个引物设计工具，分别涉及基因组浏览、基因组序列比对、引物设计、分化时间计算、进化树构建、蛋白多序列比对等。从各个层面尽可能满足不同科研人员的序列比对分析需求以及下游的PCR验证前的引物设计需求等。更好地实现了数据库与工具的综合使用。

表2.平台工具功能介绍

 

百迈客设计开发的“2019-nCoV基因组数据分析综合平台”成为科研工作者研究冠状病毒基因组序列的“便捷利器”，通过本平台可进一步实现对病毒序列的精准、全面分析，可以······

1.协助研发人员根据基因组序列信息加快相关诊断试剂盒的设计开发（荧光PCR法）；

2.用于病毒同源性分析及溯源追踪（含中间宿主），帮助我们更清晰了解病毒的来源、中间传播宿主/途径、以及新冠病毒在进化上同其它已知肺炎病毒的相似度，为防治工作提供更多指导性建议；

3.病毒序列突变追踪。

新冠病毒为RNA单链病毒，其相比DNA病毒更容易发生突变。目前，新冠病毒目前还处于病源，尤其是中间宿主未确准的情况下，宿主的变化很有可能会导致其序列上突变的发生，导致其产生新的亚种，造成与目前新冠病毒肺炎患者表现不同的症状出现，进而增加药物开发、疫情防控的难度。

因此，对目前已经确诊的新冠病毒感染者的毒株进行实时分离、测序，可对有显著突变病毒感染的患者进行提前隔离，从而防止更具传染性的毒株在人群中散播。

期待！！！

平台后续待上线内容······

后期我们将继续部署“毒株全序列之间的SNP/INDEL”等多个工具模块，用于了解冠状病毒的来源，了解病毒毒株变异的路径，从而为后期防控冠状病毒引起的疫情，以及治疗新型冠状病毒肺炎提供重要的数据支撑。

后期平台会也会以最快的速度更新新型冠状病毒的数据及科学前沿报道，希望能够对科研界提供有用的信息，共同助力针对新型冠状病毒的学术、临床研究为打赢此次疫情攻坚战贡献自己的一份力量。

附录：

[1]1.blast：本平台结合已经发表的数据库整合了6大常用的病毒数据库数据，含61病毒毒株数据，具体可比较的背景数据库如下（主要）：

1.1来源于GISAID的26例新型冠状病毒的基因组序列（download），对应的Database中的2019-GISAID.genomic文件；

1.2来源于NCBI的MN938384、MN908947、MN975262菌株的序列信息，对应的Database中的2019-nCoV-NCBI.* 文件；

1.3来源于NCBI的SARS菌株---AY274119.3的序列信息，对应Database中的SARS-NCBI.*文件；

1.4来源于NCBI的MERS菌株KC164505.2、JX869059.2的序列信息，对应Database中的的MERS-NCBI.*文件；

1.5来源于NGDC的GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000 、GWHABKJ00000000等5个菌株的序列信息，对应Database中的2019-nCoV-NGDC.* 。

说明

本平台目前部署的所有功能模块，均无需注册登录即可以进行使用，您在使用分析功能时上传的私有数据只会在当前本次分析中使用，分析完成后会自动删除，以保证数据的安全性，请老师们放心使用。

本数据库内的工具使用不需要跳转到百迈客云平台就即可完成分析，尽最大可能简化您的分析步骤，让没有生信基础的人也能用上生信分析工具。

在分析完成后，我们会以邮件的方式将结果发给您，让您随时根据自己的需求下载和查看自己的分析结果。

——百迈客 市场部（携疫情防控专项支持工作组） 

2020年2月10日 20:00时