【演化谱系】蜥形纲-主龙形下纲-鸟颈类主龙-恐龙形态类-恐龙总目-蜥臀目-兽脚亚目-坚尾龙类-手盗龙类-鸟翼类-鸟纲
由于非鸟类恐龙在白垩纪晚期全部灭绝，将现存的鸟类单独设置为一个鸟纲是合理，但在生物分类学上，鸟纲属于恐龙总目的次演化支也是毫无争议的事实。 由于只有单系群才被认定为有效的分类，因此曾经的“爬行纲”就成为一个不完整的非天然演化支无法成立，因为它并不包括这个物种的所有后代演化支，并将鸟纲排除在外，因而并不能成为有效分类而被渐渐废弃不用。 按照最新的分类，羊膜类动物有两大演化支:蜥形纲（包括传统意义上的所有已灭绝和现存的所谓“爬行类”和鸟纲）＋合弓纲（即所谓的“似哺乳类”和哺乳纲）。 其实鸟类与恐龙之间的界限，越来越模糊。（下图分别是：金凤鸟龙，近鸟龙，杨氏长羽盗龙，阿根廷鹫龙，似鹈鹕龙，达科塔盗龙，似鹅龙，哈兹卡盗龙，晓廷龙，热河鸟） 
 
鸟类和非鸟恐龙的差异，两者都是多样性非常大的两个类群，形态学差异性当然非常大。正确的说法应该是，演化早期的鸟类和兽脚类恐龙中的一些类群在形态学上真的差异很小，这也是建立起恐龙向鸟类演化关系的基础。 一亿七千万年到一亿五千万年间，鸟类由一群小型恐龙演化而来，这一长期过程中，自然选择渐进地一步步地对一小群恐龙发生作用而选择出更好的飞行者。最新的化石发现揭示出一个有趣得多的故事，即飞行的演化是一个混乱的过程，不同的恐龙实验不同的飞行方式，采用不同的“机翼”和羽毛的排列，最终仅有现代鸟类幸存下来。 羽毛不是为了适应飞行而进化出现的。它们一开始为像毛发一般的细丝状，最早的恐龙就有这一特征，可能是为了隔热或者产生保护色。在一些后期肉食的兽脚类中，这些简单的细丝状物变为更大、扁平而分支的结构——廓羽——构成今天鸟类翅膀的羽毛。 下图是，从翅膀到飞行之路（右边的代表性物种从上到下分别是：鹦鹉嘴龙、帝龙、似鸟龙、尾羽龙、奇翼龙、小盗龙、振元龙、近鸟龙、始祖鸟以及现代鸟类） 
鸟纲在中生代就已经有过一次演化辐射并迅速分化为今鸟亚纲（现存鸟类全部演化自这个演化支）与反鸟亚纲。然而反鸟亚纲也在白垩纪大灭绝事件中全部灭绝，幸存的鸟类只是今鸟亚纲中很少的一小部分，并在进入新生代之后迅速开始第二次辐射演化，形成如今种类庞杂的鸟纲家族。 伊比利亚鸟，反鸟亚纲中非常繁盛的一个种群 【反鸟亚纲与今鸟亚纲比较】 反鸟亚纲，是鸟胸骨类的最原始物种，因其肩胛骨和乌喙骨的连接方式与现代鸟类的正好相反，因而得名。个体一般较小，具尾综骨，嘴里多残存牙齿，胸骨发达，叉骨Ⅴ形且具锁下突，具较强的飞行能力。反鸟类是中生代白垩纪分布最为广泛、种类和数量最为丰富的鸟类，在全世界各大陆几乎都有发现。早白垩世反鸟类主要发现于欧洲、亚洲和澳大利亚，而晚白垩世主要发现于北美、南美、欧洲、亚洲和马达加斯加等地。反鸟类化石在晚白垩世末全部绝灭。 今鸟亚纲（Neornithes）为鸟纲的一个亚纲，包括白垩纪的古鸟类和现存的全部鸟类，三块掌骨愈合成一块，且近端与腕骨愈合成腕掌骨；尾推骨不超过13块，通常具尾综骨；胸骨较发达，少数为平胸，多数为突胸（具龙骨突起），分布范围遍及全球。 今鸟亚纲分为4个总目，即齿颌总目、平胸总目、楔翼总目和突胸总目，其中除齿颌总目为化石鸟类外，其余三个总目皆为现代鸟类，其中现生鸟类有9000余种。 |
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