|
作为蛋白质合成的模板，mRNA长期以来是RNA领域研究的重点，而ncRNA被认为几乎没有生物学意义而备受冷淡。自从1950s后期，rRNA和tRNA的发现以来，各种RNA也相继被发现鉴定，RNA世界逐渐变得丰富多彩，同时非编码世界的研究之门也逐渐在打开（见表1 ncRNA分类）。21世纪初期，通过对人类和小鼠基因组分析发现，98%的序列被划分到“junk“ DNA之列，除被注释的mRNA之外，大多收转录本似乎是不能encode蛋白质的，而这些转录本便是ncRNA, ncRNA因此也正式进入科学家的视野。随着测序技术的发展与计算生物学的兴起，使得人们对RNA领域的理解越来越深入，ncRNA领域也越发火热。ncRNA参与了大多数生物学过程，调节生理，发育甚至疾病。在对癌症的研究中也发现ncRNA十分重要，扮演抑制肿瘤与导致肿瘤的角色, 这些研究为癌症治疗药物的开发提供了契机。随着HGP，ENCODE等Project的提出，大规模测序数据的涌现，许多ncRNA databases也相继出现，如Rfam、NONCODE、miRbase等，这些数据库为ncRNA进一步研究提供了很好的帮助。以下内容是我们汇总的ncRNA相关数据库。 表1. ncRNA分类（J Integr Bioinform. 2019 Sep） 
miRBase：http://www. miRBase数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。 TargetScan：http://www.预测miRNA靶基因 microRNA.org：http://www./预测miRNA 靶标 starBase v2.0：http://starbase./搜寻miRNA靶标 PITA：http://genie./pubs/mir07/mir07_dyn_data.html预测miRNA 靶标 PicTar：http://www./鉴定miRNA靶标 RNAhybrid：http://bibiserv.techfak./rnahybrid/miRNA靶基因预测 miRWalk 2.0：http://zmf.umm./apps/zmf/mirwalk2/ miRWalki是一个综合性数据库，提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点。 miRNAMap：http://mirnamap.mbc./miRNAMap数据库涵盖了多个物种的经过试验证明的miRNA和miRNA靶基因，其中包括人类的、小鼠的、大鼠的以及其他多细胞动物的基因组 Deepbase v2.0：http://rna./deepBase/ psRNATarget：http://plantgrn./psRNATarget/植物miRNA的靶基因预测工具 TAPIR：http://bioinformatics.psb./webtools/tapir/植物miRNA的靶基因预测工具。 miRecords：http://mirecords./ PMRD：http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/植物miRNA数据库 CoGeMiR：http://cogemir./ MicroRNAdb: http://bioinfo.au./micrornadb/index.phpmiRNA综合性数据库 TarBase: http://diana.cslab.ece./tarbase/miRNA的靶基因 miRGator: http://genome./miRGator/miRGator.htmlmiRNA的生物学功能进行预测 miRGen：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html 预测动物miRNA靶基因 Vir-Mir: http://alk.ibms./cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi ViTa：http://vita.mbc./ ASRP Database: http://asrp.cgrb./db/ miRNApath: http://lgmb.fmrp./mirnapath/tools.php miRex: http://miracle.igib./mirex/分析microRNA基因表达 PolymiRTS: http://compbio./miRSNP/自然产生的miRNA的靶标位点DNA变异的数据库 SeqBuster: http://estivill_lab./seqbuster/设计miRNA WMD3: http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi microInspector: http://bioinfo./microinspector/ TripletSVM: http://bioinfo.au./mirnasvm/ TransmiR：http://www./transmir miR2Disease: http://mlg.:8080/miR2Disease/search.jsp S-MED：http://www.oncomir./SMED/index.php RNA22：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html miRTarBase：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mirtarbase.mbc./index.html miRanda：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//www./microrna/home.do DIANA-microT：https://link.zhihu.com/?target=http%3A//www./microTmiRNA靶基因预测 TRlnc：http://bio./TRlnc exoRBase：http://www.exoRBase.org TANRIC：http://bioinformatics./main/TANRIC:Overview NONCODE：http://www./ LncRNAdb：http://www./ Linc2GO：https:///linc2go-tool LNCipedia：https:/// Starbase：http://starbase./ DIANA-LncBase V2：www./LncBase miRcode：http://www./index.php NRED: http://nred./cgi-bin/ncrnadb.pl lncRNome:http://genome.igib./lncRNome/ lncRNAs Atlas (LNCat)：http://biocc./LNCat/ RNAfold：http://nhjy./kech/swxxx/jakj/dianzi/Bioinf4/miRNA/miRNA1.htm LncRNA2Function：http://mlg./lncrna2function/ LncRNAMap：http://lncrnamap.mbc./php/index.php NPInter：http://www./NPInter/ Co-LncRNA：http://bio-bigdata./ LncACTdb：http://www./ PNRD：http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD/ ncFANs：http://www./ncFANs/ Annolnc：http://annolnc.cbi.pku.edu.cn/index.jsp LncRNA Disease: http://210.73.221.6/lncrnadisease LNCipedia Expert Database：https:///expert-database/lncipedia ncRDeathDB2.0：http://www./ncrdeathdb/index.php LDAP：http://www./ldap-a ... ciation-prediction/ DES-ncRNA：http://www.cbrc./des_ncrna/home/index.php lncRNABlog：http://www./ldap-a-web-server-for-lncrna-disease-association-prediction/ Linc SNP2.0：http://210.46.80.146/lincsnp/search.php lncLocator：http://www.csbio./bioinf/lncLocator/ RNAlocate：http://www./rnalocate/ CPC：http://cpc.cbi.pku.edu.cn/ CPAT：http://lilab.research./cpat/index.php miRFold web server：http://rna.tbi./cgi-bin/RNAfold.cgi RBPDB：http://rbpdb.ccbr./ Tarbase：http://diana.imis./DianaTools/index.php?r=tarbase/index starbase V3.0：http://starbase./ CHIPBase v2.0：http://rna./chipbase/ RegRna2.0：http://regrna2.mbc./ TargetscanHuman7.1：http://www./vert_71/ DIANA-LncBase：http://carolina.imis./index.php?r=lncbasev2 catRAPID：http://service./page/catrapid_group exoRBase：http://www.exoRBase.org circBase：http://www./ circBank：http://www./ circRNADB：http://202.195.183.4:8000/circrnadb/circRNADb.php CIRCpedia V2：http://www./rnomics/circpedia/ circRNA_finder：https:///circrna-finder-tool#tool-reviews CircNet：http://circnet.mbc./ RegRna2.0：http://regrna2.mbc./ deepBase 2.0：http://rna./deepBase/ TargetscanHuman7.1：http://www./vert_71/ Circinteractome：https://circinteractome.nia./ Starbase：http://starbase./ CircPro：http://bis./CircPro/ TSCD：http://gb./TSCD/circRN组织特异性表达分析数据库，人和小鼠 circRNA disease：http://:9091/circRNADisease/ CSCD：http://gb./CSCD Circ2Traits：https://www.ncbi.nlm./pubmed/24339831 starbase V3.0：http://starbase./ circlncRNAnet：http://app./circlnc/ circnet：http://circnet.mbc./ miRSponge：http://www./miRSponge/ linc2GO：http://www./linc2go-a-human-lincrna-function-annotation-resource-based-on-cerna-hypothesis/ GDCRNATools：http:///packages/devel/bioc/vignettes/GDCRNATools/inst/doc/GDCRNATools.html#case POSTAR2：http://lulab.life./postar/index.php cefinder/ceRDB：https://www.oncomir./cefinder/ mircords：http://mirecords./ piRBase：http://www./database/piRNA/ piRNA cluster database：http://www./piRNAclusterDB.html piRDisease：http:/// IsopiRBank：http://mcg.ustc.edu.cn/bsc/isopir/index.html. ncRPheno database platform：http://lilab2./ncrpheno ncEP：http://www./ncEP/ 更多原创作品及资料分享，请关注微信公众号“BioMan”。
|
