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何为二代生物柴油？首先，传统意义上的一代生物柴油是指由甘油三酯(地沟油主要成分)和甲醇经过酯交换(酯化)反应得到的脂肪酸甲酯。一代生物柴油相比普通石化柴油其具有十六烷值高、闪点高、硫含量低、能利用废弃油脂作为原料等诸多优点。但一代生物柴油存在缺陷，燃烧热值仅为普通石化柴油的额87%，不能完全替代石化柴油，只能按照一定比例进行添加使用，且凝固点高，冬季无法使用。
而鉴于以上缺点，采用深度加氢工艺进行油脂处理。油脂在油脂在高温、高压条件下，通过催化加氢生成直链烷烃，这就是第二代生物柴油。第二代生物柴油在国际上被称为绿色柴油，其成分是C12～C20的烷烃(大部分为C15～C18)，结构和性能更接近石化柴油，能以更大的比例添加在石化柴油中。但因凝固点较高(由于其主要成分为正构烷烃，凝固点高于10℃)限制了使用范围，所以一般第二代生物柴油的工业化生产线都会配备异构化装置，用于降低产品的凝固点。
同样二代生物柴油虽然提高了其燃烧性，但缺点也是有的。首先，二代生物柴油采用的加氢催化剂通常为硫化态的NiMo/Al2O3或CoMo/Al2O3，反应过程中硫易损失，需要不断添加含硫化合物保持催化剂活性，会导致含硫废气和含硫废液产生，需要增加配套废气及废水处理装置，增加投资及运营成本。二是反应产物绝大多数为正构烷烃，凝固点较高，无法以很高比例掺入到石化柴油中，若增加异构化装置，则投资成本会进一步增加。（注：整理于网络，有不妥之处，欢迎交流指正）
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