抗原制备方案设计

一、原核重组表达抗原方案设计

1．原核重组表达方案设计

分析蛋白性质性质和特点，根据实际应用目的制定抗原制备方案。

1）基本性质分析:查看蛋白质修饰情况（糖基化、羟基化、磷酸化、甲酰化等）、结构域特点、剪切加工等情况，如果蛋白质有后加工，应该尽可能选择一个完整“成熟体”区段进行分析。常用网站：(Http://www.)。

2）分析跨膜区分析：进行跨膜分析最常用的网站（http://www.cbs./services/TMHMM-2.0/），只需要将蛋白整个序列直接拷贝进文本框，即可直接分析。

3）同源性分析：通过NCBI软件分析其在同物种中与其他蛋白同源性，这就是所谓的特异性原则；同时要检索其与被免疫宿主的同源性,避免宿主“免疫耐受”。

4）亲水性/免疫原性分析：用DNASTAR软件进行分析预测。

5）稀有密码子分析：稀有密码子分析一般使用以下网站（http://people.mbi./sumchan/caltor.html），只要将序列输入即可查看结果；连续出现两个或者两个以上的稀有密码子就有可能使表达变得极为困难。

作为抗原使用的重组蛋白如果获得全长有困难，可以截取其中抗原性比较好的区段部分重组表达。

经以上几步分析之后，如果我们决定要截取其中片段表达，我们需要遵循以下原则：

1）选取某个目标蛋白“成熟体”区段序列作为表达序列。

2）避开跨膜蛋白的“膜内区”。

3）避开与本体其他蛋白和免疫宿主“同源区”。

4）选取亲水性和免疫原性都较好的区段。

5）选取的区段尽可能长（100氨基酸以上）。

符合以上原则的区段如果氨基稀有密码子太多或比较集中，需要对其密码子进行优化，优化到大肠杆菌比较偏爱的密码子；如果符合以上原则的区段比较短或者不集中，这时可考虑通过合成多肽制备抗原。