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磁珠法血液DNA提取试剂的选择

 nnsister 2020-06-17

随着大型医疗机构和检测机构样本量的增多,如何高效快速地进行核酸检测成为研究者关注的重点。目前,医疗机构以及检测机构几乎都会首选血液样本作为检测标本。血液DNA提取方法主要有磁珠法和硅胶膜离心柱法,由于离心柱法满足不了日益增长的大批量样本检测需求,在特定的检测要求下,磁珠法逐渐成为追求自动化作业工作者进行DNA提取的理想手段。

 

很多厂家推出了商品化的磁珠法血液DNA提取试剂盒,这解决了很多血液核酸研究者的实际问题。但是,现在大部分的磁珠法血液DNA提取试剂盒都是配套厂家自产的核酸提取仪,那么如何选择一款合适的磁珠法血液DNA提取试剂盒呢?

目前,我们常用的磁珠法血液DNA提取试剂盒主要有进口品牌Q、国内品牌Biog以及国内品牌T。现在我们就这几种磁珠法血液DNA提取试剂盒进行比较。

就磁珠法来说,血液DNA提取试剂盒的性能是我们在选择产品时首要考虑的因素。一般地,DNA提取试剂盒的性能无外乎DNA提取得率、核酸纯度、检测敏感性、操作简便性等。

一、DNA提取得率。对于血液样本,DNA提取得率主要取决于裂解液对样本的裂解消化能力、磁珠对核酸的吸附能力、洗脱液对核酸的洗脱能力。DNA提取得率可以通过紫外分光光度计法测得,但是结果仅供参考,不能作为判断得率的唯一标准,如果要精确检测DNA得率,还是要做PCR或荧光定量的。样本量与DNA得率成正比,结果不理想可以通过增加血液样本量来提高DNA得率。如果样本量的增加还是不能改善DNA得率,那么就应该及时考虑更换试剂盒了。

根据我们实验室的经验,Q公司磁珠法血液DNA的提取得率,一般200ul血液样本在2.6-6ug。Biog与Q的DNA提取得率相近,200ul血液样本在3-5ug;T公司 200ul血液样本DNA得率在4-8ug,基本上都能满足下游PCR实验的要求。

二、核酸纯度。这几个品牌的血液DNA提取试剂盒得到的DNA纯度略有差别,国品牌Biog和T的核酸提取纯度差不多,可以直接应用于PCR、qPCR病毒检测、分子杂交等进口品牌Q的纯度略高,除了以上应用,还可用于对纯度要求略高的实验,如基因分型、二代测序等。目前,血液DNA提取主要应用于易感基因检测、PCR、qPCR、分子杂交等,国产试剂盒Biog、T基本都能满足要求。

三、检测敏感性。经过一段时间的研究,我们实验发现在同样实验条件下品牌Biog与进口Q提取的血液DNA检测的CT值相差不大,基本控制在1个CT值内;而国产品牌T提取的血液DNA检测CT值较大,一般比Q晚1-2个CT值,检测敏感性不如Biog、Q这两个品牌。

四、操作简便性。由于磁珠法核酸提取需要自动化操作,如果操作过于复杂,不仅耗时,还容易导致样本间的交叉污染,也容易损失样本。特别地,对于临床检测或样本较多情况下的检测,交叉污染会引起误诊,还会影响出检测报告的时间。因而,选用操作简便、流畅的血液DNA提取试剂盒非常重要。以上三种提取试剂盒,Q公司的血液DNA提取试剂盒提取运行过程一般15-20minT公司血液DNA提取试剂盒整个提取过程需要近1个小时;B公司的Biog磁珠法通用核酸提取试剂盒(特别适用于血液DNA/RNA提取)提取过程只需20多分钟。Q公司和Biog公司磁珠法血液DNA提取试剂盒在操作简便性上具有绝对优势,耗时短,更适合于大批量样本的检测。

五、仪器兼容性。据了解,Biog、T品牌的磁珠法血液DNA提取试剂盒可以手工采用磁力架操作,也可配套多种型号自动化核酸提取仪使用,但是进口品牌Q一般需要配套Q厂家自产核酸提取仪使用。所以,虽然我们实验室有核酸提取仪,也是考虑到进口试剂、耗材昂贵,实验成本高而无奈放弃选用Q公司产品,我们更倾向于选择仪器兼容性好的试剂盒。

六、产品价格。价格也是影响客户选择产品的一个重要因素。对于绝大多数实验如PCR、qPCR、基因检测、分子杂交等国产试剂盒都能满足质量要求。与国外知名品牌相比,国产试剂盒的价格较为便宜,一般只有国外品牌价格的30%,性价比较高;国产试剂盒Biog比T价格略优。因而,对于以上实验建议选用Biog、T等国产试剂盒。对提取DNA的纯度要求相对较高的一些研究,如基因分型、测序细胞转染等,可考虑选用Q等国外知名品牌。

综上,国产品牌Biog在检测敏感性、操作简便性、仪器兼容性以及价格上占有很大优势,进口品牌Q在核酸纯度、操作简便性上有一定优势,国产品牌T在DNA得率、仪器兼容性上也有一定优势。我们需要将产品性能和产品价格综合考虑,选择一款真正适合我们实验的试剂盒。以上只是我个人的一些看法,仅供参考,谢谢。

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