基础知识 首先我们了解一些基础知识(注:文中图片皆可点击放大查看!): 启动子(promoter):与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。 UTR(Untranslated Regions):即非翻译区,是信使RNA(mRNA)分子两端的非编码片段。 image *1*****查找基因的启动子区域-NCBI 1. 打开PubMed:https://www.ncbi.nlm./pubmed image 2. 选择Gene,输入IL17A,点击search,结果如下图,点击第一个: image 3. 下拉到下图位置,可以看到该基因的以下信息: image 点击Tools,选择Sequence Text View: image 还可以看到如下序列信息: image 4. 以上只是该基因的一些信息,可以用于查找相应的UTR等区域,下面进入正题,寻找promoter区域。还是拉到如下图位置,点击FASTA: image 5. 基因位置信息如下图: image 6. 一般认为基因上游2 kb区域为该基因的promoter区域,所以将基因上游2 kb序列调出来: image 7. 复制上述序列就是基因的启动子序列了。 ***2*******查找基因的启动子区域-UCSC**** 1. 打开UCSC:http://www.genome./,点击Table Browser: image 2. 按照下图所示填好基因相关信息,点击get output: image 3.选择genomic: image 4. 勾选Promoter/Upstream by选项,并将其改为2000 bases,然后点击get sequence: image 5. 得到下面的序列信息,开头直到第一个大写字母前面的所有小写字母序列即为该基因的promoter序列,你可以跟NCBI上得到的序列比对一下,看看是不是一样的呢? image 6. 当然查找promoter的网站有很多,比如UCSC,在这里就不介绍了,大家可以自行探索,或者加小编微信amateur_1988交流。 *3*****转录因子结合位点的预测 1. 打开http://jaspar./(我这边这个网址暂时打不开了,所以我登录了这个网址:http://jaspardev./),输入转录因子NFAT,点击Quick Search: image 2. 将promoter序列粘贴进入右下角的框中,选中左侧转录因子,点击SCAN: image 3. 得到28条转录因子NFAT与IL17A的结合位点,其中Strand -1没有特殊意义,只需选择Strand 1即可。 image 4. 好了,转录因子与promoter结合位点已经有了,接下来就是愉快的通过实验验证了!Luciferase、点突变、截短、ChIP等统统拉上来就可以了! 来源:科研小助手 |
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