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扫描下方二维码免费领取☟☟☟ 解螺旋公众号·陪伴你科研的第2261天 数据库介绍 gutMEGA 之前我们介绍了国自然中的热点m6A和相关数据库，今天我们再来介绍一个研究热点的数据库，那就是肠道微生物菌群。有戏言“遇事不决，量子力学；机制难寻，肠道菌群”，但从最近几年的研究来看，肠道菌群还真是一直被人类忽视了的重要变量，比如肿瘤的发生、免疫治疗的效果、抑郁症的治疗，都可以看到肠道菌群在起作用。 今天给大家介绍的这款数据库，gutMEGA，收集了到目前为止已发表的人类肠道微生物宏基因组数据。这款数据库是由中山大学肿瘤防治中心的研究团队收集和建立，其论文发表在牛津学术旗下的 Briefings in Bioinformatics（影响因子=9.1分；我们之前介绍的m6A修饰靶点数据库m6Atarget和液体活检相关数据库BBcancer数据库也是由他们建立并发表在这个杂志的），网址为：http://gutmega./ 下面就由小鹿给大家介绍一下这款数据库的使用和数据情况。 进入主页后网页是这个样子。根据其介绍，他们收集了6457个分类单元的58132个定量事件，共有776个不同条件，涉及7个不同水平（界、门、纲、目、科、属、种）。 我们以“Colorectal”为例，对该条件（Condition）进行搜索 稍等几秒钟后会跳转出结果界面，我们可以在Condition下面看到“Colorectal”词条下还有多种比较条件可以选择，比如有高级结直肠腺瘤VS正常组，结直肠癌VS正常组，等等。可以在Log2Ratio里选择过滤条件，点击那个绿色的小方框可以选择“>”、“<”或“=”，然后点击filter执行过滤操作。< span=""> 点击Detail中的“+”查看详细信息如下，包括这样研究来源PMID，研究所在地（数据库里还有比较不同国家之间肠道菌群差异）、测序方法和平台以及样本数等等。右边的世界地图可以让人直观的感受到一个事实：一方水Jun土Qun养一方人。 然后网页给我展示了一张菌群在两个组别中的相对丰度结果。但这里遗憾的是没有加上一个Pvalue，网站作者后面要是能够加上去就好了。 也可以点击Download下载数据，会得到输入的搜索条件下所有的结果，也方便大家进行手动检索。 网站的Browse模块，提供了一个逐项展示的界面供大家浏览寻找数据。当方块显示为绿色的时候，点击进去就会展示其结果。但当方块为灰色的时候，表示其下还有子选项，点击它会有新的下级选项跳出来。例如下图中，直接点击“Acidimicrobiaceae”，会展示结果，而点击“C111”时，Genus（属）这一栏下面就没有选项了。帮助大家快速选择自己感兴趣的菌群。 Condition这一栏，展示的是不同实验条件下的比较，例如寻常痤疮患者VS正常人。顺便一提的是，这个数据库包含的数据可不只有肿瘤哦，只要是发表了的研究，就有收集整理。 而如果你的研究对样本类型有要求，还可以对样本类型进行选择。 在网站的Search模块，大家可以选择自己感兴趣的研究条件和分类进行搜索，就跟检索基因的差异表达一样一样的。
小鹿以结直肠癌中的“k__Bacteria”为例，进行检索，结果展示界面如下图所示，和上面介绍的部分是一样的，小鹿在此就不赘述了。
gutMEGA网站的使用介绍就到这里啦，不知道大家是否有所收获呢？如果你正在做或者准备做肠道微生物相关的课题，那你就捡到宝啦！祝大家都有收获哈！如果网站有帮助，记得引用哦。  点下“在看”，多根头发 |
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