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科学之所以能够称之为科学，只是因为系统秩序的普遍性，大至于星系、星体，小至于分子、原子，中至于生物、人、人类社会，科学的目的就是为了探索支配系统秩序的必然性规则，用来指导人的生存。目前的西方科学，是解释不了任何自然秩序的存在的，更解释不了人的存在。这一是热力学第二定律，它规定了物质系统只能单调地走向无序；二是量子力学延伸出的不确定原理，它认为一切变化都是偶然的，而靠无限个偶然形成系统秩序的可能性为零。虽然科学家们也认识到了机械力学的局限，发展出了系统理论。可是，这个系统理论有着根本上的错误，它一不承认物质在空间中的连续性，使生命问题成了不解之谜，二不承认物质彻底的统一性，使普遍联系问题成了不解之谜。而系统理论没有了这些核心问题的解决，就成了一个没有任何价值的空架子。中国的自然科学史上，一直是从系统的、整体的角度来认识人体的，中医就是系统理论应用于人体的典范。许多人不解了，为什么西方科学从一开始就走向了还原论道路，而东方科学则从一开始就走向了系统论道路。原来，这是因为它们认识自然的立足点不同，西方科学是用几个基本粒子的不同组合来解释世界的，要发现自然规律，就必须把那几个基本粒子还原出来；东方科学是用一种物质的聚散来解释世界的，既然万物还原到最后都是同一种东西，自然还原论就没有意义的，真正的自然规律就是物质聚散的原理，物质的聚显然就是物质系统的产生，物质的散显然就是物质系统的灭亡，气聚散的规律就是物质系统的发展规律。现代人所谈的科学，其实是分科之学，即探索物质基本结构的规律。可是，这是在一定条件下才成立的规律。比如，生物是由细胞组成的，而细胞又是由有机分子组成的，有机分子又是由原子组成的，原子又是由质子、中子、电子组成的，再往下分，所有基本粒子都可以转化为同一种更基本的东西——能量，用能量也可以造出所有基本粒子。如果说西方科学中真的有什么普遍意义的科学，那就是万物归于能量。可能量是什么？它无形无象、无所不在，科学家们迷惑了。以史为鉴，可以知兴替。我们能否站在东方科学的基础上来解决西方科学中的难题呢？答案是显而易见的，那就是站在气一元论之上来重新认识这个世界。
西方科学的最大问题就是前提假设出了问题，第一个错误就是不承认物质在空间中的连续性，这使生命问题成了科学中最大的难题。而气一元论则认为，空间中连续着统一的物质（气），它们并不是静止不动的，而是在紧张地相互压迫中存在的，反抗周围物质的压迫是一切存在物的本性，而生命就体现在物质彼此之间紧张地相互压迫与反抗之中。正是有了这种本性，组织现象才无所不在。
西方科学的第二个错误就是不承认物质彻底的统一性。没有了统一，普遍联系就成了科学中无法解决的难题。试想，几个死寂不变的基本粒子之间如何进行物质交换和能量交换，又如何能够相互联系。而气一元论则认为万物都是由同一种生命之流汇聚而成的，因此，所有物体之间都可以进行物质交换和能量交换，普遍联系也可以在连续物质的有序和无序周期变换之中得到理解。
有了气一元论假设，一个全新的科学体系就建立了，它其实就是系统科学。因为气一元论是用统一的一种物质（气）的有序（阴）和无序（阳）变换的规律来解释自然界的一切的。物质从无序向有序转化就是物质系统的产生，从有序向无序转化就是物质系统的灭亡。真正的大自然最普遍规律就是物质系统的发展规律。现代的中国人从小就是学西方科学成长起来的，大脑中形成了大量思维定式，此时是无法理解东方科学的。比如，你无法理解生命的本质，也无法理解普遍联系的本质，无法理解自然秩序，无法理解众多神秘现象。不过，一旦我们在气一元论假设之上重建了一个全新的科学体系，自然界的一切秘密都可以用这个规律来认识，那就是真正的东方科学。
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