作者:解螺旋·子非鱼 如需转载请注明来源:解螺旋·医生科研助手 解螺旋不久前推出一篇针对用NCBI数据库来查找基因的启动子的文章,不少读者表示很受益,并希望我们对Ensembl等其他数据库也能加以介绍。读者的需求就是我们的追求,今天就是来满足大家的期望的。(所以您对解螺旋还有什么内容上的需求和建议,尽管给我们留言吧。) 启动子一直都是基因的重要组成部分,它就像开关,决定着基因的活动,是区分基因与“垃圾DNA”的关键成分,因而,其异常性突变往往会导致基因表达的调节障碍,目前对启动子的研究仍旧是一个热门话题。今天小鱼就用UCSC数据库及Ensembl数据库查找基因启动子的方法介绍给大家。回复“promoter”可查看如何用NCBI数据库来查找基因的启动子。
3.可出现以下界面,点击目的基因的第一个链接,可出现Select sequence type for RefSeq Genes界面,并在该界面中选择genomic选项。 4.点击submit后,因一般启动子的长度大约为2kb,可选择Promoter/Upstream by 2000 bases。 5.点击get sequence即可得到结果。
2.点击GO, 可出现以下界面,点击目的基因的第一个链接。可出现这个序列的图解概要。
4.点击上图中的RefSeq Genes中,任一个条形方块,可进入新的界面。在该界面的Links to sequence中,选择Genomic Sequence即查阅该基因的启动子序列。 1.打开ensembl数据库的网址:http://asia./index.html 2.以人的ANKH为例,在search中选择Human,for后面的方框中输入ANKH基因。 3.点击GO,在出现的新界面中,点击左侧的Gene。 4.点击第一个链接,可查看该基因的详细信息,点击左侧下端的export data。 5.在导出数据的界面中,将5’ Flanking sequence(upstream)后的方框里输入2000,即启动子一般长度。同时,将Genomic后的方框里选择5’ Flanking sequence,点击deselect all取消后续方框的对勾,再点击Next。 6.在新的界面里,点击text格式,即可获取启动子的序列。 |
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